Re: [討論] 3c 4c 5c hi-c技術
有一篇《Trends in Genetics》的 Feature Review 對這系列的技術有不錯的說明，
標題是：
Unraveling the 3D genome: genomics tools for multiscale exploration
http://www.cell.com/trends/genetics/fulltext/S0168-9525(15)00063-3
你如果能閱覽全文的話十分建議去看看，
裡面有各種 C 的簡單 protocol、所需細胞量、解析度以及如何得到 data。
※ 引述《tony51501 (x-ray)》之銘言：
: 小弟在網路上爬文，大約了解這些相關的技術
: 但是如果再選用方法上面，會如何選用？
除了 3C、4C、5C、Hi-C 外，
還有其他衍生的技術，如：ChIA-PET，
這些技術的用法也都有所不同，
3C 是 one to many，
你有一個目標 locus，
你想驗證這個目標 locus 會和哪些你選定的 loci 有 interaction，
這種情況下才適合用 3C。
4C 是 one to all，
用一段選定的 locus 去找出所有和這段 locus 有 interaction 的對象，
如果你想找出會和選定的單一 locus 有 interaction 的 loci，
4C 是不錯的選擇。
5C 是 many to many，
用在你只想看你選定的一群 loci 之間彼此 interaction 的狀況。
Hi-C 是 all to all，
就是去看整個細胞核中所有 loci 彼此之間的 interaction。
順便提一下 ChIA-PET，
這個技術是指定一個蛋白質(通常是 transcriptional factor)，
找出由這個蛋白質所產生的所有 chromosome interaction。
: 3c是最早出來的技術，但感覺好像還是很多人再用3c它有什麼在技術上的優點或缺點嗎？
優點就是因為不用做高通量定序，
所以相對其他 C 十分的便宜，
而且只需要用 qPCR 就能快速得到結果，
所以得到 data 的速度最快，
靈敏度也很高。
缺點是只能 one to many，
只有在目標 locus 和對象都已知的情形下能用。
(如 β-globin 基因和它的 locus control region)
: 那hi-c 是利用high throughput sequencing 多對多方式來找dna fragment序列，那它要
: 拿什麼sample來做？網路上的圖好像是拿4c 5c 的sample，但是4c 5c的sample不是很少
: 嗎？
4C、5C、Hi-C 的 sample 多寡取決於你起始的細胞量，
只要一開始的細胞量夠多，
就能得到不少的 library。
然後基本上，
除了 3C 外，
這是一個非常燒錢的實驗！
而且除了 3C 外都會動用的高通量定序，
資料分析也是個不小的問題......
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