Re: [求救] 請教基因knockdown後影響的相關基因網站

看板Biotech作者 (莉羅夾克)時間8年前 (2016/03/20 21:00), 8年前編輯推噓5(5推 0噓 27→)
留言32則, 5人參與, 最新討論串2/2 (看更多)
※ 引述《aaaazzzz (找英文家教)》之銘言： : 各位好， : 想請教一下有無網站或者相關的microarray data查詢方式， : 舉例來說， : 如果想研究EGFR(epidermal growth factor receptor)， : 把這個基因knockdown之後， : 會造成哪些基因改變？ : 先前曾看過期刊列出microarray data， : 列出一大堆基因改變的倍數(當然，還需要後續驗證)， : 不曉得有沒有這樣的網站， : 輸入基因knockdown之後， : 就會找到對於其他基因的改變(排列由大到小)？ : 或者，各位都是如何去找到期刊microarray的data， : 來找出基因的相關性？ : 謝謝！ 分享我以前搜尋GEO data set的經驗 原po想做的事情跟我以前想做的類似 我當時是蒐集乳癌病人的array找出跟臨床有關係的biomarker 光是蒐集就是個難題 同時要有array資訊也要有臨床資訊 我是採:GEO 資料庫http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/browse/ 用關鍵字搜尋 原po的關鍵字還不錯 只有3筆，但是運氣也不好:最大的一筆資料只有八個樣本 n=8 ....大概很難作統計吧 http://imgur.com/g07wG2h
GEO資料庫都有算表達量的結果[關鍵字Series Matrix File(s)] 對生物人是方便的 接下來就是瞭解材料內容，就靠看論文 1.細胞種類 2.組織 3.臨床特性 4.treatment等等 我碩論光蒐集資料就花了一年，請不要小看查論文的過程 我曾經看過有資料庫紀載某種cell line的表達量 但是要有treatment後的表達的資料庫，這種資料庫大概不存在吧 我猜最接近的大概是encode計畫吧? 加油吧，我個人覺得沒有簡單的方式，只能靠自己算 PS 發表這三筆資料的剛好是台灣人洪明奇教授@MD Anderson，滿有意思的 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 122.146.54.185 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1458478822.A.B89.html ※ 編輯: lelojack (122.146.54.185), 03/20/2016 21:06:39
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03/20 21:58, , 1F
目前EMBL-arrayexpress,oncomine應該會有你要的那些
03/20 21:58, 1F
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03/20 22:00, , 2F
不過query感覺比NCBI GEOprofile較多一些方法
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03/20 22:03, , 3F
基因表現與臨床info方面,有TCGA與METABRIC等大樣本可用
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03/20 22:12, , 4F
原po的部分,他是要看treatment(kd)的,N大小不重要吧
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03/20 22:16, , 5F
如果要介意N,就不需討論kd,直接以N討論EGFR與gene的r就好
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03/20 22:43, , 6F
記得洪教授就是提出「EGFR會入核」理論的人啊，他研究EGFR蠻
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多的吧
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03/21 00:17, , 8F
有p value可以篩選，做驗證的人很開心
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推
03/21 23:16, , 9F
謝謝喔，可是我從GEO datasets搜尋EGFR knockdown得到
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03/21 23:17, , 10F
40筆資料,如果從GEO profiles則得到367筆資料
03/21 23:17, 10F
推
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附帶問樓上B大，TCGA的資料庫如何使用，曾經看過網路說
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明，但還是一知半解，不曉得如何使用，何處可學到使用的
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方法呢？(曾注意過陽明大學楊教授論文曾用TCGA資料庫)
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回應樓上L大，洪教授確實做過一系列EGFR進入細胞核的研
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究,但令我覺得百思不解的是他在review文章提到EGFR入核
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比例低於10%,但ICC與western data卻如此顯著，不曉得有
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無特別的妙方？
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有人能從TCGA撈出原始數據嗎？ 我只能找到正規化後的
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檔案欸?!
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03/22 01:34, , 20F
哪一種? level 1嗎？ 那要有帳密而且得捐款贊助一下
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03/22 01:47, , 21F
aaaazzzz如果只是要查看而不需自己整理data可試cbioportal
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03/22 01:49, , 22F
即可,它們把TCGA弄的更有善使用,等到無法滿足需求再去TCGA
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03/23 00:38, , 23F
現在kegg更好用 ！！！
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推
03/23 22:00, , 24F
我有聽到交大博士生有從TCGA網站擷取資料，設計程式
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03/23 22:01, , 25F
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03/23 22:01, , 26F
不過還是不清楚如何使用
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推
03/23 22:05, , 27F
謝謝b大提供cbioportal,我再摸索一下
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03/23 22:06, , 28F
謝謝s大提到KEGG,突然想到研究所老師課堂有介紹過
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03/24 11:52, , 29F
TCGA 我們正在用，也很好用
03/24 11:52, 29F
推
03/25 17:34, , 30F
請問TCGA需要付費嗎？可得知基因對照病人的預後嗎？
03/25 17:34, 30F
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03/25 20:55, , 31F
把RNAseqV2跟clinical下載後繪KM plot
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03/26 00:51, , 32F
做高通量分析的人真多 突然有溫暖的感覺XD
03/26 00:51, 32F
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文章代碼(AID): #1Mxfxck9 (Biotech)
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