[求救] 如何證明我clone的promoter是對的

看板Biotech作者 (黑輪桑~ YO)時間10年前 (2014/06/26 23:51), 編輯推噓5(5推 0噓 24→)
留言29則, 6人參與, 最新討論串1/2 (看更多)
各位版友好,想請問有關promoter prediction的問題 爬過版上許多和promoter有關的文和相關paper 都無法順利解決我的疑問 最近教授給我一個工作,是要從zebrafish genome中找出sox2的promoter sequence 再將這些sequence後面加上GFP送入zebrafish embryo表現 目前我從NCBI取得zebrafish sox2 gene full sequence後 推測promoter應在轉錄起始點ATG前面數kb的區段 我的問題是 1.目前我的作法都正確嗎(也才做一步 冏) 2.我該如何證明我複製出來的sequence就是我要的sox2 promoter sequence呢 或是該進行何種實驗,用何種理論說服 因為學長質疑就算我複製出來,然後打入斑馬魚細胞也有螢光 我要怎樣證明它不是其他基因的產物 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 175.182.167.123 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1403797864.A.2EE.html
推
06/27 00:09, , 1F
NCBI都有序列了...還質疑你? 你複製出來的序promoter序
06/27 00:09, 1F
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06/27 00:10, , 2F
列拿去定序之後再比對NCBI database
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如果序列一樣會有人說你錯嗎?
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06/27 00:12, , 4F
話說本來斑馬魚本身的基因就不會產生螢光 加入control
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06/27 00:13, , 5F
vector 和有promoter的plasmid一比較 不就好了
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感謝回應,我記得我學長問的其中一個問題,是我複製出來的
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06/27 00:16, , 7F
sox2的upstream sequence有可能是前面基因的downstream
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06/27 00:16, , 8F
sequence
06/27 00:16, 8F
推
06/27 00:29, , 9F
我的認知是真核細胞promoter的位置在DNA序列中離基因序
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06/27 00:31, , 10F
列不會太遠 Activator或Enhancer的序列才會離基因序列
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遠一點
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06/27 00:33, , 12F
好的謝謝~ 也希望有人可以給更多意見
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06/27 00:33, , 13F
所以我認為SOX-2基因upstream的DNA序列應該就是SOX-2
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專屬的promoter序列
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06/27 00:36, , 15F
樓上說的不完全是，尤其是像這樣選超過一定長度的seq
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我們手上的例子，一個gene上游的promoter,也是是前個gene
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的downstream enhancer
06/27 00:38, 17F
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06/27 00:39, , 18F
我覺得要看你的實驗目的，單一這篇文章,只要把研究目的修成
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06/27 00:40, , 19F
探討這段upstream seq的transactivated activity就沒問題了
06/27 00:40, 19F
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另外paper有時也會用putative sox2 prom seq來描述這段序列
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推
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所以就要做promoter seq 的deletion...聽起來就好累
06/27 00:43, 21F
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first大 你說的方法是篩選出真正sox2 promoter的方法嗎
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我是這方面的新手,畢業後暑假剛進實驗室,這方面資料會
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不會很難找阿@@
06/27 00:57, 24F
推
06/27 01:47, , 25F
我也碰過往上游走結果直接撞到前一個基因的~xDD
06/27 01:47, 25F
推
07/02 13:40, , 26F
為什麼不試試BAC?
07/02 13:40, 26F
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07/02 18:36, , 27F
first 說的應該是 clone 一大段可能的 promoter 序列，
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07/02 18:37, , 28F
然後階段的從 5' 端把序列縮短，看減到哪裡基因不表現，
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07/02 18:38, , 29F
就表示減掉的序列裡有調控 sox2 表現的重要序列。
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文章代碼(AID): #1Jh45eBk (Biotech)
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