[求救] PCR primer帶有GGC重覆的序列

看板Biotech作者 (1776)時間10年前 (2014/04/17 18:57), 10年前編輯推噓1(103)
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最近要在一段蛋白質前面加上GGGGS四重覆的linker 所以5' primer帶有下面的序列: ggcggcggcggcagcggcggcggcggcagcggcggcggcggcagc 但將PCR(用phusion polymerase,band很乾淨)產物clone定序後, 發現在linker中的序列有deletion(少10幾個mer) 因為不同clone的deletion都不一樣,所以應該不是primer合錯了 想過是不是GC-rich造成的二級結構所影響 所以打算用下面的方式試試看 1. 用phusion polymerase GC buffer for GC-rich template 或 2. 加DMSO 請問有人有類似的經驗嗎? thx~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 203.64.48.9 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1397732259.A.BD8.html ※ 編輯: MDCCLXXVI (203.64.48.9), 04/17/2014 19:03:08

04/17 20:00, , 1F
你可以兩個同時做,不同濃度DMSO也可以試試3% or 5%
04/17 20:00, 1F

04/18 02:45, , 2F
如果是在primer上面,為什麼會是PCR或polymerase的問題?
04/18 02:45, 2F

04/18 02:49, , 3F
或應該說,一般是template的GC-rich太多才用上述,而非primer
04/18 02:49, 3F
※ 編輯: MDCCLXXVI (203.64.48.9), 04/18/2014 10:09:11

09/29 01:33, , 4F
DMSO或許可以有幫助,但有試過把重覆樣品再定序一次嗎?
09/29 01:33, 4F
文章代碼(AID): #1JJxEZlO (Biotech)
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