Re: [求救] 水稻基因啟動子序列調取 (ATG上游2K)
Os01g0847800 基因前面的序列如下:
61021 aataataata attttacaaa caaagaatct accatcatat aatttaaacc ggtgtactct
61081 ttactttgta ctattatttt caaataatgc actattttaa aataaatttt acaaaattat
61141 attgtgtacc tatcaaataa acaatatcat attaacaaat ttatacgtgc acttaaactg
61201 atggccccat tatataaatt atcggatcta cttttttaca ttggtctatt attctcaggt
61261 aatgcactgt ttcaaaataa ggtctacacc attatattgt gtatccatta tattaacaat
61321 ttaaaatcta tattaactaa tttacactta cagtagaact ggtggacata ttattataat
61381 cattggatct attgtttgct aataaataaa gcgtccgaaa ttctcttttt gcctgctgca
61441 caacgcacgt ctgcaccttg gcctttcgca cgtgtgacaa agcgtagtgt ctaagacatc
61501 taaggtgatc acaaccgctg tagcgctacc gctttgccac atatcaaatc atatatgaag
61561 atgattaatt ttgttaataa cataaaaata aaattaaagg tgatgcagcg agagaataat
61621 taagcaccat gggttgtgtt tttctcaaca ctaattagct ctgtttaagt tgaaaccgag
61681 agttgattac ataataatta taatgtattt gtgttatgtc gtatttggat tttgtactat
61741 ttatccgtac aggtgaaagg aatcattatg ttataaatgt gagtgcaata ttgacgaata
61801 tcaatagaac tcttagtacg acaagggtga taaagggagt ttaaggccct ctcttttttt
61861 cccgattcca tattttggat tttttttgca cgctttccaa gtttctaaat ggtgtcttct
61921 ttaaacaaca ttataacttt ttagaagtca attcattcgt ttataccctc aaatagctat
61981 cacataaatt atataattca tcaatttcag ctatcctaaa ccttaagtac tacatatttt
62041 tttcatgcga gtcatggtga tcagtaaatt ggtgatcaac ggatcatcga agtcgtaaga
62101 tgaatatgta agagttactc tgaacaattg taaataggtg tcaaaattaa ttgctattaa
62161 ttagacatct aatggcttgc tagccacaaa attaatttct ctctacatat atataaacat
62221 ggacgaagtt ggaacaaata ttaccatacg tcccatacat atatattgcg cagttaatat
62281 tctaattagt catttaaaat tccttaaaat gctctcaagc tgccacgtga tactctaata
62341 aattagggca aatattagaa attctaagaa aaaaaagaca aagtatcagt tacttgattt
62401 tcacttaaat cggtaggtcc aatattataa accgttagat taaattgatc ttagaacaaa
62461 ctaaatacta cgaggtccca cctcatcata ggtatgcacc tacgtgcatg ggtacgtatg
62521 cctcccctcc cttttttatt tttctctttc ttcttttttt ttcccatgca tatgcttccc
62581 tccctttatt actatatcat gcgtcttcat gagatgattt aatcaaaatt ctagaatttt
62641 gagtatcatg cactcacatt ttttatttat tacacgtatg tatatagatg gactgtatga
62701 taattaacta gcaatacttt tttatttact cgagaaaaaa aacatgattc aaaagttgta
62761 attacttaat ccatccccta ttcaaaagtt tgtgaatggt tttctaagat acctcgagaa
62821 aaacagaacc tttaatttat tataaaataa cattatccaa actttagttt gccctaaatt
62881 tatgagacaa aatttctgaa caaacaataa tcttatcttt taaaaatata agtgcacacg
62941 cgggccacct tcctagttat cctaatagta acattcttaa gccgaacctt tcatttgata
63001 attgtcactt gttcttgatt gcaattttag catcgcggaa agcaattctc ttgcaggtgg
63061 caggtgggat ccgccggctg acatacgctg tcactgacat gcgggacccc tggttgagca
63121 cctcaatgtg cttcggattt catttcacac tataatcgcg acaggtcctc gcctcctcgg
63181 tcgtttgcgc agcctctgtt gaagagcttg ttccgttttt taaaagacat ggcatctcaa
63241 caatactcct gattttctac tactgatttt cccttcgtca agcgactcca aaacgtgccc
63301 catatctaat ctgtctcgca cgcggccggc ggcggaagag cagagcatca ggcgcgtgtg
63361 gatagccgga ggac
後面接 ATG......... => 你要的基因 Os01g0847800
只要有基因的序列 再去NCBI做比對
找出其位於哪條 chromosome 的幾號位子上
就可以知道他前面的序列是什麼了
※ 引述《goldfish0909 (金魚)》之銘言：
: 各位版友好，小弟我有些關於水稻基因啟動子序列調取的問題想請教大家
: 目前我手上有10幾條水稻基因，且都有基因註冊碼 (eg. Os01g0847800)
: 想要搜尋基因上游 2k 序列進行 promoter 分析實驗
: 但是搜尋過 Biology、Biotech、BioMedInfo 版關鍵字 "promoter"
: 也嘗試過 hajimels 版友所提供的辦法，但仍找不到序列
: 想請教有經驗的版友們如何使用 NCBI 調取基因上游 2k 序列?
: 最近有關水稻 Genome 的資料庫因為日本地震而關閉
: 只是我需要啟動子序列資料有點急，亦對我非常重要
: 希望有經驗的版友們教我一些方法
: 在這裡先謝謝大家了，感激不盡 ~^^~
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03/19 00:35, , 1F
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