Re: [求救] 萃取動物組織DNA出現膠狀物
※ 引述《kennezoe ()》之銘言：
: 我們實驗室會剪老鼠尾巴來萃取DNA
: 方法是
: 1.尾巴剪碎，加入TNE buffer 300ul及proteinase K煮overnight
: 2.加Phenol/Chloroform/Isoamyl Alcohol, 25:24:1 300ul mix後離心取上層，這步驟
: 做兩次
: 3.加Chloroform/Isoamyl Alcohol 24:1 300ul mix 後離心取上層，這步驟做兩次
: 4.加isopropanol(-20℃) 300ul invert
: 5.加70%ethanol(-20℃)invert
: 6.加100%ethanol(-20℃)invert
: 7.DNA pellet 乾燥後以TE buffer回溶
: 通常在加入isopropanol之後，就會有白色絲狀物出現，在離心後，會是白色的小pellet
: 貼附在eppendorf底部。
: 然而有時加入isopropanol，也會有白色絲狀物，但過一段時間或離心後，卻沉澱出透明
: 的膠狀物或是膠狀物包裹白色pellet，這種膠狀物比較大團又滑溜，有時可以回溶有時又
: 不行，取出來測的260/280 ratio也正常，可是用來PCR卻常失敗。
: 想請問大家，這種膠狀物到底是什麼東西，如果不是DNA，又要如何避免萃取到它?
應該是 collagen
經過 proteinase K digest 55度 o/n 之後
先離心十分鐘 然後用 p1000 去取上清 然後如果有吸到這團東西
我都直接把她像鼻涕一樣拖出來丟掉
剩下的上清液 直接用 isopropanol 沉澱出來酒精 wash
air dry 回溶之後就可以拿來 PCR
有用 chloroform 處理會比較乾淨
我只有做 southern 的 genomic DNA 會這樣處理
另外我取 proteinase K 的時候都會把 tip 頭剪掉
不然吸起來的量跟應該有的量會差蠻多的 (我用 1:100)
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