Re: [求救] 如何知道蛋白質的三級結構？
※ 引述《championelmo (elmo軒)》之銘言：
: 請問
: 我有氨基酸序列
: 有哪種軟體或是方法
: 可以讓我預測出此氨基酸序列的三級結構會是如何？
: 或是推薦我一些web site
: 謝謝
嘛嘛~ 有兩種方式
一種是推文提到的homology modeling 也是最簡便的方法
利用已經解開結構的蛋白質下去比對
圖解
你有興趣的
===AAAA=====BBBBBBBCCCC====DDDDDD===
已經解開結構的
假設A domain是大部分proein都會有的(很幸運的情況)
Protein A -> ===AAA===========DD===
Protein B -> ===A=====BBBBCC==
Protein C -> ===A=========CCC==D===
於是就從ABC三個蛋白各取結構然後運算找出最適合你的序列情況的模擬出你的蛋白質
但是蛋白質在自然環境中是否長這樣就科科了 另外不同的模擬方式模擬出來的三度結構
也是不同. 萬一你的蛋白質序列在PDB都找不到相似超過一定比例的怎麼辦?
那要先恭喜你找到novel 的結構 不然就是這結構不好結晶沒人做出來過(￣y▽￣)╭
不過就算有找到相似結構 要模擬出完整度高的蛋白不是靠一般PC或筆電電腦就跑的出來
要看蛋白質複雜度 CPU有幾顆 還有你的迫切時間(修改詳細參數下去用月算吧?)
第二種就靠單純的量子物理去硬幹計算 這需要的CPU跟時間又更久了(年當單位?)
而且不能計算太複雜或太大的蛋白質 不過如果真的硬幹出來應該是比實驗還準...
至於為啥要這麼久....簡單說一下
E
A-B-C-D-F
G
H
上面是原子等級的圖 固定A原子後去計算B原子跟A的交互影響 然後計算C跟A的
之後DA EA GA .etc然後再分別計算各別之間後都取最小安定值
完成第一個胺基酸穩定狀態接下來第二胺基酸開始算 然後還要再回去跟第一個比對穩定度
這還不包含環境參數 Orz
另外計算軟體準確度高的話用買的比較好....不然自己功力夠的話自己寫一套
不是說網路上的不好 而是需要的運算能力好的大概要排隊排排排....
最簡便的方法是叫你老板去找個做電腦資訊的老闆合作抓另一個專門的研究生來搞
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