[問題] 定序問題與分析序列問題
各位好
不好意思..
是一個課業上的問題..但是是星期五結束的討論.很想要知道各位是怎麼做的
還請各位包涵
我們拿到一張sequence定序的圖.還有wild type的sequence，應該是patient的sample
然後是已知有問題的sequence，然後就是要我們找到位置.。然後看混淆的sequence
定序區，然後identify是那一種mutation
定序用的方法應該是sangers sequencing
主要就是混淆的sequence中眼睛看確認那個地方是什麼polymorphism然後再比對
1.請問一下..如果我這樣做，我怎麼知道那個mutant是從那一股的DNA定到的?
當時實驗課很趕，所以我只稍微問了一下助教，助教是說一跟wild type比就知道
我實際用DNAMAN比一比是把跟wild type比較像的放到同一股上
但是這樣不是會有一個問題：在不知道是什麼mutation, inversion, deletion,
insertion的情況下，怎麼知道定序上兩個peak代表的nucleotide是在那一股上?
2.在看sequence時，大家都是全部輸進電腦裡做multiple alignment然後看嗎?
還是說都用眼睛看呢?
3.一些mutation像是deletion, addition或site mutation可以在multiple alignment
後看得出來，但是像是inversion, frameshift等mutation
有algorithm可以看得出來嗎?
4.另外一個有關定序的問題想要問一下，在爬文之後發現就是一般要定序都會做TA
cloning
像這種時候送定序就直接送嗎?不需要給廠商vector的種類跟做cloning用的切位嗎?
好像有些情況也是PCR product確定是single band後也可以定序
像這兩種，如果廠商不需要vector的種類，或只是PCR product
要怎麼選primer呢?如何才能定到?
謝謝各位
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◆ From: 140.112.212.220
※ 編輯: captdavince 來自: 140.112.212.220 (06/07 03:10)
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