Re: [求救] 尋找調控轉錄方式
※ 引述《higamanami (大眼埃及貓)》之銘言：
: 有個我想研究的蛋白
: 目前只知道某個transcription factor會bind到enhancer上
(A) (B)
: 增加此蛋白的轉錄情形
: 在mRNA 或蛋白上 都能看到增加
: 其他有關這個蛋白的調控方式都沒有相關報導
: 而我給細胞的處理是給nuclear receptor的agonist
(C)
: 在第三天後從Western blot發現此蛋白的量減少 RT-PCR上可看到mRNA減少了
: 現在想找尋分子機轉
: 另外 有一可能是我自己想的
: 搞不好trancription factor bind 到 DNA上抑制轉錄
: 可是到了3天後才有效果 有可能嗎 這可以用DNA footprinting 來檢驗嗎
footprinting應該只能看有沒有蛋白binding在你要找的片段上...
假使repression是發生在(A)的修飾或是protein-protein interaction
可能就看不出來...
: 關於1-7種可能 在資料有限的情形下 要用甚麼方法來找到屬於哪種情形呢
: 以下是我設想的方法
: 1 抽核蛋白 用CO-IP 先用抗體抓下最前面所提到的transcription factor
: 再做western blot 看看我活化的nuclear receptor有沒有在裡面
既然調控方面已知的很少,要不要試試先把所有參與轉錄的factor先用CO-IP
或是Pulldown先抓下來,或是對相關可能基因的表現量作一個差異性的比較...
先釐清你加入的(C) agonist反應發生在DNA,轉錄,轉譯或是轉譯後修飾...
(不過mRNA表現量下降就幾乎可以確定轉錄受到調控,除非是mRNA被快速降解)
先縮小搜尋範圍再來考慮其他的效應...
這樣一來你2-6的東西才能在更細分下去...
: 還是要有個internal control先normalize?
internal control在做基因表現以及調控抑制的實驗中是絕對必要的...
拙見...
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你怎麼對待你的實驗...它就呈現出怎樣的結果...不是嗎??
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