Re: [求救] 生技公司的sequnce價錢
※ 引述《acor (丸子)》之銘言：
: 我想問的是
: 從環境樣本 到把序列作出來
: （中間會經過抽ＤＮＡ ＰＣＲ cloning and enzyme digestion and 定序）
: 請問要花多少錢？ （生技公司可以做嗎？）
: ＰＳ：高中科展想做的一部份（知道會花大錢～～但是想要資料完整一點）
: ＰＳ：大致上”環境樣本”的細菌並不知道是物種（很多物種）
: 但是藉由分子技術 來找到”種名”
: ＰＳ：老師說如果可以負擔的話 選擇性做某一些樣點的環境樣本
: （因為我們對ＤＮＡ鑑定 知識並不是很深入
: 所以老師並不建議我們到大學實驗室操作--＞說這樣很像技術員
: 當然之後我們會去看別人操作整個流程）
:
: 謝謝回覆
推文太麻煩 直接回覆
首先 你所謂的環境樣本是什麼 水? 土壤? 堆肥?
其中可能含有物種的種類有多少? 每個單一物種可能數量有多少?
你想鑑定的物種可能為何? 細菌? 真菌? 病毒? 原蟲?
想要做PCR放大 是否已有預設可能會找到哪些物種?
如無特定目標 primer如何設計?
環境樣本的種類與數量直接牽涉到抽取DNA的難度
物種本身的差異性又影響抽取的方式
如在檢體中目標生物數量過低 是否必須先放大後在萃取
如克服以上困難後順利抽到DNA
所需使用耗材如下
抽DNA算運氣好一次到位 五百元吧.... 但環境樣本似乎沒那麼簡單
Primer 一對約800元 前提是設計正確一次就奏效 不然就得重新來過
PCR reagent 這個沒有零買的 準備個兩千元買一組buffer跟一瓶Taq
PCR跑完難道不跑電泳驗證產物? 接著只好繼續花錢
Agarose gel 一公克大約8～10元 不過也沒有人散賣的 買小包裝五百公克的吧
Running buffer 買預泡好的Stock隨便算200元 其實一般都是大罐裝 所以低估了
跑完電泳 也不能霸王硬上弓直接clone
來個PCR clean up, 一個反應大概100
不然就是gel elution 也是100
如果你PCR產物非常單純專一 （環境樣本雜菌多 不容易）
也許可以用TOPO 之類的clone kit 不過一個反應就數百元 不划算
而且一次要買一組二十個反應
買一般的vector 一個反應也至少百來元
初次進實驗室的不太可能自製TA clone vector 所以只好花錢買
T4 ligase, ligation buffer的成本就算在vector裡面好了
但便宜vector多半沒有附ligase 所以可能要追加一點預算
成功送進vector 後 就得送進competent cell中放大
competent cell 自製或購買 臺廠可降到100元一管
做完transform後要塗agar plate
bacteragar, antibiotic, Xgal/IPTG都是錢 Xgal還挺貴的
一個plate多少錢 這成本有點算不清 也沒想過要算
好不容易挑到想要的東西
Enz digestion? 看什麼酵素價差很大
不過要先抽plasmid 一個反應一百元
酵素處理過後又要跑電泳 還是錢
那直接拿 plasmid做PCR 也是要錢
最後再送去生技公司作序列分析 其實這一步最便宜
一個反應三百元.....
經過了上面那一大堆囉哩囉唆的程序之後
你會覺得這三百元真是有夠便宜的
我不知道高中科展的預算是多少錢
不過看來你們似乎有點低估這個實驗的技術層次
首先在實驗設計方面 個人覺得有頗多可議之處
以複雜的環境樣本來說
如果沒有特定目標生物 以gene cloning方式定序DNA會是鑑定物種的最佳方式嗎?
如果有特定目標 以realtime PCR就可知道有無特定物種存在 甚至可以定量
還有 你們想找的物種 基因序列都已知嗎 有無序列未定的物種存在呢
如果找到一段未知序列 如何確定此序列來自哪一特定新物種?
另外 我並不覺得所謂到大學實驗室操作就會像技術員
在上述提到的實驗流程 其實中間有很多理論與奧妙之處
雖然沒有所謂科學上的原創性 然則以學習的立場
尚有很多可學習之處
primer的設計 ligation的條件 PCR產物電泳圖的判讀等等
今天假設生技公司從環境樣本開始到你指定的物種序列全部包辦
學生頂多就上山下海拿樣本 付錢給別人之後過一段時間收到一張序列圖
在高中生科展的教育意義上 可能效果相當有限
阿哩阿雜講了一堆
其實我的主要議題是 定序的價格不是最重要的
實驗設計才是真正的重點啊
希望對你有點幫助
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