Re: [問題]大鼠的primers可以用小鼠上嗎?
※ 引述《fatrabbit.bbs@bbs.ccns.ncku.edu.tw (讓開!!肥兔來了!!)》之銘言：
: 找到一篇PAPER但上面的方法用的是大鼠的primers
: 我這邊用的卻是小鼠= ="
: 請問各位大大
: 二者的primers可以共用嗎?
在此推薦NCBI的electronic pcr軟體
他有兩種方向(forward/reverse)的使用法
forward e-PCR是根據所提供的DNA sequence或是accession number尋找STS
reverse e-pCR是根據所提供的STS尋找可Mapping到的sequence
在這個例子中可以使用reverse e-PCR
點進去後先在上方dataset選擇你是要小鼠的transcriptome還是genome
然後我習慣使用table input
輸入Label(你給的命名), First primer, second primer, size(預計的大小)
底下的STS size deviation以及alignment quality就看你希望的嚴謹程度調整
我個人建議都使用最大值以得到最多的可能性
按下search後等他呈現結果
若是hit數為零,則可能在你的嚴謹程度條件下該primer放大不出預計size的片段
若是有hit到,則可觀察missmatch以及gap的程度而得知該primer的專一性
這個軟體目前內建有人類、大小鼠、果蠅、阿拉伯芥等8個物種的資料
提供你做參考
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.129.77.155
※ 編輯: soom 來自: 140.129.77.155 (05/20 15:59)
推
05/20 21:58, , 1F
05/20 21:58, 1F
推
05/21 02:12, , 2F
05/21 02:12, 2F
→
05/21 17:37, , 3F
05/21 17:37, 3F
討論串 (同標題文章)
本文引述了以下文章的的內容：
完整討論串 (本文為第 2 之 3 篇)：