Re: [求救] PROMOTER sequence
※ 引述《qqo8855436 (一個人的生活)》之銘言：
: 雖然有人回覆了...
: 我試著去找仍霧煞煞
: 不知可否用 TNF-A -308這個位點當例子??
: 已知的GENE為 TNF-alpha
: SNP位點 :promoter區 -308
: 如何以這些資料來找出其 rs1800629
: 感謝~ ^^"
-308的位置好像不太對??
要找promoter有什麼SNP的話你可以用BLAST去比對
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/snp_blastByOrg.cgi
這是NCBI的網頁上的工具
把你的序列貼上就可以找到有哪些SNP在這裡
你的例子就是將TNF-A promoter區 取6~700bp左右
比對後就會看到有相似的序列及RS ID 最像的便是在此區域的SNP
當然也有不像的也會出現
所以便要點進去看這個SNP是否為在此區域
這筆便是你要找的
>gnl|dbSNP|rs1800629
rs=1800629|pos=401|len=801|taxid=9606|mol="genomic"|class=1|alleles="A/G"|build=127
Length=801
Score = 737 bits (399), Expect = 0.0
Identities = 399/400 (99%), Gaps = 0/400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCTGTCTGGAAGTTAGAAGGAAACAGACCACAGACCTGGTCCCCAAAAGAAATGGAGG 60
Sbjct 320 ............................................................ 379
Query 61 CAATAGGTTTTGAGGGGCATGGGGACGGGGTTCAGCCTCCAGGGTCCTACACACAAATCA 120
Sbjct 380 .....................R...................................... 439
這筆便是有出入的 有太多不一致的序列 所以要點進去看看
>gnl|dbSNP|rs4987027
rs=4987027|pos=209|len=481|taxid=9606|mol="genomic"|class=1|alleles="A/C"|build=113
Length=481
Score = 728 bits (394), Expect = 0.0
Identities = 394/400 (98%), Gaps = 0/400 (0%)
Strand=Plus/Plus
Query 1 ATCCTGTCTGGAAGTTAGAAGGAAACAGACCACAGACCTGGTCCCCAAAAGAAATGGAGG 60
Sbjct 65 .............R.............................................. 124
Query 61 CAATAGGTTTTGAGGGGCATGGGGACGGGGTTCAGCCTCCAGGGTCCTACACACAAATCA 120
Sbjct 125 .....................R...................................... 184
Query 121 GTCAGTGGCCCAGAAGACCCCCCTCGGAATCGGAGCAGGGAGGATGGGGAGTGTGAGGGG 180
Sbjct 185 ........................MR.....R............................ 244
Query 181 TATCCTTGATGCTTGTGTGTCCCCAACTTTCCAAATCCCCGCCCCCGCGATGGAGAAGAA 240
Sbjct 245 ..............................................R............. 304
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04/08 23:24, , 1F
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