[問題] 序列比對與繪圖
我有個需求，想請大家建議一下。
我手上有八個物種的同一段genomic DNA sequences。
每一條都小於1kb。
我想要一個序列比對後顯示sequence conservation的圖。
X-軸是DNA 長度，而Y-軸則是保留度的某種計算值(單位)。
看起來像是股市趨勢圖....
Y-軸值越高則表示保留度越大。
我用ClustalW比對，它只給我序列比對的樣子。
沒有圖。
我有想過把ClustalW比對後的結果一個字母一個字母地輸入到Excel，
然後請它幫我畫出一張圖出來。
可是這麼做有幾個問題。
一是太耗時(現在應該沒人會這麼做了吧！)，
二是我得解釋這種方法和設定的原因，比方說值的給定之類的。
我們實驗室對bioinformatics沒有概念，
不曉得該怎麼弄才好。
目前是希望網路上能找得到符合或接近我需求的軟體。
還請大家建議一下做法或推薦網站。
謝謝！
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc)
◆ From: 140.109.40.39
討論串 (同標題文章)
完整討論串 (本文為第 1 之 2 篇)：
問題
1
1