Re: [問題] Sub-cellular localization網站
※ 引述《over999 (唉呦)》之銘言：
: 請問我想找關於基因表現出的蛋白
: 在細胞中的位置 除了GeneCards和 Human protein Atlas之外 有更好的網站有標出Sub-c
: ellular localization嗎
: 謝謝!
: BTW 我還想問
: Metacore/IPA等大資料庫中的Subcellular 是準的嗎 有些基因在網站跟軟體中寫的位置
: 不太一樣欸
Gene ontology db 用過嗎?
Ontologies
Cellular Component
These terms describe a component of a cell that is part of a larger object,
such as an anatomical structure (e.g. rough endoplasmic reticulum or nucleus)
or a gene product group (e.g. ribosome, proteasome or a protein dimer)
定義精細到我很難用
例如底下這個 分類超級細
Name
transmembrane transporter complex
Definition
A transmembrane protein complex which enables the transfer of a
substance from one side of a membrane to the other.
http://imgur.com/a/rirAg
從上圖看得出來 除了transmembrane transporter complex還有其他比較粗的分類
你可以當作大分類及小分類的概念
做高通量分析使用小分類會搞死自己，而用大分類又騷不到癢處
至於證據 資料庫也有標示
證據程度由大到小
direct assay evidence used in manual assertion
sequence similarity evidence used in manual assertion
biological aspect of ancestor evidence used in manual assertion
curator inference used in manual assertion
physical interaction evidence used in manual assertion
genetic interaction evidence used in manual assertion
IPA等資料庫基本上都會參考這個資料庫的內容
因為這個資料庫一來免費 二來公開檢視資料
應該對你有幫助
Jack
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推
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