Re: [問題] 演化樹
BioEdit 的使用相當簡單
(如果你只是單純畫畫 paper 上的演化樹，那更簡單)
極其簡化版本解說如下：
1. 拿到序列
取得你要分析的序列 (哪個資料庫隨便你)
你可以用複製貼上的、用其他檔案匯入的 (txt, excel etc.)
或是用最方便的，利用網路直接用 GI 或是 accession number 從 NCBI 抓回來。
要比那些比幾條，蛋白質還是基因，都給他先抓好。
2. 修修改改
看你的序列是不是需要修改的，有些人只比較某一段，比方說只比某一個 homolog
的區域，比一個 domain 之類的。或是某些蛋白質你抓他來是比基因，但是他還有其
他不是該蛋白質的基因片段在裡面等問題，就利用其內剪剪貼貼的功能修到你滿意為止。
3. 做 ClustalW multiple alignment
選擇 Accessory Application 中的 ClustalW multiple alignment。(全使用預設值)
Alignment 的原理跟方法我不在此多談，總之就是把你要比較的序列方在一起比較，
要先比較才能畫接下來的演化樹。 (簡單來說在此步驟會將類似之序列對整齊)
4. 畫演化樹 (Neighbor)
演化樹要怎麼畫，有很多理論跟方法，在這裡先使用比較常用的 neighbor joining
這是 Saitou 和 Nei 在 1987 年提出來的 (有興趣用 neighbor joining 當關鍵字
，可以找到原始 paper 與相當多解釋的資料，在此不談。)
選擇 Accessory Application 中的 neighbor phylogenetic tree。
要比對的是 DNA 就選 DNADist 的
要比對的是蛋白質就選 Protdist 的
就這樣子就畫好了，不過有點不好看，沒關係，把檔案存出來再用 TreeView 來開，
就可以修改成你喜歡的樣子了 (paper 的樣子??)
TreeView 下載點：
http://taxonomy.zoology.gla.ac.uk/rod/treeview.html
※ 引述《Luciel (路西艾爾)》之銘言：
: 請問怎麼用BioEdit畫演化樹呢?....如果要分析的話...
: 有那些文章可以看呢?....
上述是超簡化速成版，如果你要去分析數據，建議將基本理論紮紮實實的弄懂，
哪些文章可以看？建議找各理論原始論文來看一下比較好。若是時間不夠，
有許多講分析方法的 review 文章，很容易可以找到，看你做的生物是什麽而定。
: 因為只有學過演化樹簡單原理....所以也看不太懂演化樹阿....
: NCBI有麼?....最好是中文的啦....看起來快一點....
: 感謝各位大大.....
中文的東西很少，英文資源比較多，看英文到最後會比中文還快。
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