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討論串[問題] 晶片分析的小問題
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#1
[問題] 晶片分析的小問題
推噓2(2推 0噓 5→)留言7則，0人參與, 最新作者gsuper (綠色蘇打心)時間14年前 (2009/12/16 19:37), 編輯資訊
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請問一下. 我手上有 20片 Normal. 20片 Tumor. 是 paired data. 那我做 preprocessing 時. 應該分開做 (2次20片) , 還是一起做 (1次40片) ?. --------------------------------------. 我是在算 In
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#2
Re: [問題] 晶片分析的小問題
推噓2(2推 0噓 5→)留言7則，0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間14年前 (2009/12/17 02:15), 編輯資訊
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我指的batch不是這個 而是實驗設計的問題. 像是不同時間點收RNA 就已經有可能有batch effect了. 50組實驗 array的scanner沒有能在一次scan完. 如果你分不同時間去scan 你的時間也會有batch effect. affy的片子都會有紀錄scan的時間 你可以看一
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#3
Re: [問題] 晶片分析的小問題
推噓0(0推 0噓 0→)留言0則，0人參與, 最新作者gsuper (綠色蘇打心)時間14年前 (2009/12/24 19:44), 編輯資訊
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能再問一些問題嗎?. -----------------------------------------. Q1:. 在 affy 的 u133plus2 晶片. 有 130 萬個 probe cells. 經過 preprocessing. 剩下 54675 個 probesets. 平均每個基因
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#4
Re: [問題] 晶片分析的小問題
推噓1(1推 0噓 1→)留言2則，0人參與, 最新作者hajimels (阿一)時間14年前 (2009/12/27 14:01), 編輯資訊
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^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^恩... 這邊我不太清楚你的preprocessing. 因為我平常在做的時候...只有import data -> normalization (RMA)就有54675個probe然後probe QC以MAS5 generate出來的detect
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