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作者 mattmatt 在 PTT [ Biotech ] 看板的留言(推文), 共275則

限定看板：Biotech

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[求救] protein purification

[ Biotech ]8 留言, 推噓總分: +2

作者: Marriott - 發表於 2011/01/22 21:06(15年前)

5^F推mattmatt:跑一塊native PAGE和SDS PAGE 看western能不能測到his01/23 04:30

6^F→mattmatt:我的case 100mM imidazole就會洗下來 200mM以上洗光光01/23 04:32

7^F→mattmatt:buffer是用Tris-Cl和NaH2PO4 pH8 感覺buffer影響較小01/23 04:33

8^F→mattmatt:可能還要測一下Ni-NTA agarose binding後flow過去的extra01/23 04:35

Re: [求救] 菌長出來裡面什麼都沒有

[ Biotech ]31 留言, 推噓總分: +13

作者: waitingu - 發表於 2011/01/21 18:02(15年前)

12^F推mattmatt:視抗生素的作用和何種菌還有titer 每一種菌(細菌/真菌)01/22 18:43

13^F→mattmatt:能耐受的抗生素種類不同劑量也不同01/22 18:43

14^F→mattmatt:要是對菌沒作用的話 stock的濃度也殺不死01/22 18:44

15^F→mattmatt:所以才有所謂超級細菌萬古黴素都殺不死的那種...01/22 18:45

[討論] oligo/primer的blast工具演算方法

[ Biotech ]21 留言, 推噓總分: +4

作者: FDynasty - 發表於 2011/01/21 16:07(15年前)

3^F推mattmatt:當然不會找到具有gap的結果...因為你用的是BLAST01/22 02:01

4^F→mattmatt:BLAST:Basic "Local Alignment" Search Tool01/22 02:02

5^F→mattmatt:他只做local alignment搜尋並不會加gap進去找01/22 02:03

6^F→mattmatt:你講的下面加入gap的叫做global alignmnet01/22 02:04

7^F→mattmatt:兩個是不同的方法結果呈現和運算速度都有差01/22 02:04

8^F推mattmatt:就像你說的 local只針對相同或相似的片段做搜尋01/22 02:10

9^F→mattmatt:global則是會加入gap使序列長度一至後再尋找可能的排列01/22 02:10

10^F→mattmatt:global通常用在multiple sequence alignment 以多條序列01/22 02:11

11^F→mattmatt:的資訊組合出最有可能的排列方式01/22 02:12

12^F→mattmatt:但NCBI資料庫序列有幾千萬條還要應付全世界的人的使用01/22 02:13

13^F→mattmatt:若是用一條序列要求global的方法幾台超級電腦都不夠算01/22 02:13

[求救] real time PCR standard curve之建立

[ Biotech ]6 留言, 推噓總分: +1

作者: myrhino - 發表於 2011/01/13 10:28(15年前)

1^F推mattmatt:RT反應完後cDNA有稀釋過嗎? 有些RT buffer會抑制PCR反應01/13 16:55

2^F→mattmatt:另外DNase處理完的RNA直接上機可以跑?!?!?!01/13 16:55

3^F→mattmatt:要嘛就是DNA殘留...要嘛就是你們家酵素相當厲害...01/13 16:56

4^F→mattmatt:最後..不知你們的設計為何需要絕對定量..一般看基因表現01/13 16:58

5^F→mattmatt:大多使用house keeping gene去做相對定量..01/13 16:58

6^F→mattmatt:印象中mRNA要做絕對定量來計算轉錄量還滿不容易的...01/13 17:00

[求救] 以calcoflour染cellulose

[ Biotech ]7 留言, 推噓總分: +2

作者: mournermind - 發表於 2011/01/10 23:09(15年前)

1^F推mattmatt:calcofluor white Excitation 365-440 Emission 435-52001/11 10:27

2^F→mattmatt:不知道你的calcoflour是買哪一種但激發和散出很接近01/11 10:28

3^F→mattmatt:不用濾鏡(顯微鏡) 散出光容易被其他波長蓋掉01/11 10:31

4^F推mattmatt:況且藍紫光較其他顏色弱可見光會蓋過一般相機拍不起來01/11 10:34

5^F→mattmatt:陽春一點就是幫相機買率鏡留下435-520的波長也許可以拍01/11 10:35

6^F→mattmatt:看你買的calcofluor適合哪個波長的濾鏡01/11 10:36

膠乾在UV BOX裡面怎辦

[ Biotech ]11 留言, 推噓總分: +8

作者: sun0109 - 發表於 2010/12/31 18:13(15年前)

4^F推mattmatt:拿吸滿水的一疊擦手紙蓋在上面吧...一直加水到泡軟為止01/01 03:36

[求救] real time PCR

[ Biotech ]11 留言, 推噓總分: +3

作者: enicole - 發表於 2010/12/30 22:53(15年前)

1^F推mattmatt:1.兩者放相同量的DNA下去各別的kit內按照建議設定12/31 04:16

2^F→mattmatt:比較cp 沒差很多的話就沒甚麼問題相對定量的話影響不大12/31 04:17

3^F→mattmatt:2.目測同樣大小的band很難說是相同序列序列的不同也會讓12/31 04:20

4^F→mattmatt:Tm值有差..有可能P到base差幾個的片段 single copy gene?12/31 04:22

5^F→mattmatt:有沒有不同alle的可能? 或者用3%的agarose去試著跑開看看12/31 04:24

6^F→mattmatt:3.端看你的產物大小和GC% 沒有絕對值 peak溫度越集中越好12/31 04:26

7^F→mattmatt:4.膠膜問題多多,表面多少不太平整還是tube比較穩定一點12/31 04:28

[討論] 關於Luciferase reporter assay

[ Biotech ]2 留言, 推噓總分: +1

作者: kingtiger - 發表於 2010/12/30 18:40(15年前)

1^F推mattmatt:transfomation&表現系統完整的話應該OK 做了就知道!12/31 04:38

2^F→mattmatt:但GUS好像比較便宜?12/31 04:38

[求救] ligation都接不起來

[ Biotech ]56 留言, 推噓總分: +14

作者: ennnnno - 發表於 2010/12/27 11:12(15年前)

16^F推mattmatt:請問V:I是體積比重量比還是莫耳數比?12/27 23:19

17^F→mattmatt:另外請問ligation total體積? 使用的切位是甚麼酵素?12/27 23:19

27^F推mattmatt:用體積比計算是錯誤的要用莫耳數比12/28 22:58

28^F→mattmatt:按照你vector和insert的大小 V:I要1:3的話12/28 22:58

29^F→mattmatt:vector建議150~200ng insert大概100~150ng或更多12/28 22:59

30^F→mattmatt:將以"純水"回溶的純化過的vector與insert加入tube後12/28 23:00

31^F→mattmatt:65度五分鐘 spin down然後馬上放冰上再加入buffer ATP12/28 23:01

32^F→mattmatt:與ligase, total體積不超過20ul(建議10ul)12/28 23:02

33^F→mattmatt:依你的切位放在12度C以下會比較好 over night ligation12/28 23:03

34^F→mattmatt:ligation完後加入competent cell 混勻後冰上30~45min12/28 23:05

35^F→mattmatt:雖然是commercial的還是建議做一下heat shock...12/28 23:06

36^F→mattmatt:42度90秒 (commercial應該30秒即可) 然後冰上5min12/28 23:07

37^F→mattmatt:然後加入1ml LB,37度搖晃(250rpm)培養1hr..12/28 23:08

38^F→mattmatt:養完後用8000rpm離心5min 去除上層medium 留100ul LB12/28 23:09

39^F→mattmatt:懸浮後塗盤 (commercial的 LB可以只養30min)12/28 23:10

[閒聊] real time PCR 每反應所需最低總體積?

[ Biotech ]12 留言, 推噓總分: +7

作者: mzac1b - 發表於 2010/12/26 13:00(15年前)

2^F推mattmatt:10ul影響不大相對定量的話沒甚麼關係12/26 15:32

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