[程式] SPSS 基因交互作用

看板Statistics作者 (普雷萬)時間9年前 (2014/08/11 21:58), 編輯推噓1(109)
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老師突然丟了一份Excel檔案,叫我做基因交互作用對某疾病關係, 表格大概如下: rs4762 rs5051 rs699 rs110 rs5050 rs5049 rs2148 | rs5182 rs5186 | class GG CT GA CC TT CC GA | TT AA | 1 GG TT GG CC TT CC GG | TT AA | 1 GA TT GG CC GT CC GG | CC AA | 0 rsxxx:基因位點(?) class:病患=1,對照組=0 分隔線為兩種基因(AGT、ATR1), 因為小弟本身不是生物統計相關(電資), 只知道大概是用logistic回歸分析, 還麻煩前輩指點明路。 謝謝。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.117.168.23 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Statistics/M.1407765524.A.EE6.html

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遺傳統計有許多名詞混用,你必須先說明何謂"交互作用"
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假定有一個方程式: ln(p/1-p)=b0+b1x1+b2x2+b3x1x2
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統計學家似乎把b3視為交互作用項,若你想檢定這,那你
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想的就沒錯。
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但我知道有生物學家認為所謂的交互作用是指這兩個基因
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總是一起工作,根據這個想法,整個Model的效應都必須被
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一起考慮,因為main effect也同樣重要,這時候有人是採
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用Multifactor dimensionality reduction(MDR)。
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另外,若考慮到你列出的這些SNPs,有可能有連鎖的情形
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也有人將上式的x1,x2從SNPs改成haplotypes。
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文章代碼(AID): #1JwCmKxc (Statistics)