[程式] normalize.quantiles 以及相關問題
[軟體程式類別]:
R
[程式問題]:
Import/Export & normalize.quantiles 相關問題
[軟體熟悉度]:
一年左右 但使用斷斷續續
[需求描述]:
小弟我現在有一個 以tab分隔的資料檔(data.txt)格式如下
數值是譬喻
row 有2970條(含Header一行)，Col 35條(含[ID]一行)
[ID]tab [con1]tab [con2] tab [con3]... tab[con34]
[ID1] tab 1.01 tab 0.211 tab 1.67 .......tab 0.231
[ID2] tab 2.31 tab 4.121 tab 0.145...
.
.
.
[ID2969] tab 0.146 tab 0.631....
我想要
1.讀取
2.之後做"Quantile Normalization"
3.輸出成新的一個文字檔(Tab分隔)，
但是排列方式與順序跟原本資料檔案一樣
執行中都正常沒出問題
但是最後的 NEW_data.txt
卻顯示這樣
[ID1] tab [ID2]tab [ID3] tab ... tab[ID5]
[ID6] tab [ID7]tab [ID8] tab ... tab[ID10]
.
.
.
[ID2965] tab [ID2966] tab [ID2967] tab... [ID2969]
.
.
.
之後才接計算過的數值，但也是列出五個就換行
[程式範例]:
raw <- read.table(file="c:/data.txt", sep = "\t", header=TRUE) #讀入文字檔
library(preprocessCore) # 要做(QN)Quantile Normalization要先載入
X<-matrix(as.matrix(raw), nrow=1) #將raw轉換成 matrix, QN要求的
normalize.quantiles(X,copy=TRUE)
write(X, file = "c:/NEW_data.txt", ncolumns = 1, append = FALSE, sep = "\t")
想要請教各位先進，
1.程式碼錯誤的部分
2.Header 以及row.name最後為什麼不會列出來?
3.Quantile Normalization 用法是否正確? 另外該如何檢驗做出來的數據可信
困擾好幾天了，麻煩各位前輩了
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