[閒聊] 有KD/KO鑑定過的抗體有那幾家呢

看板Biotech作者 (水色天秤)時間6月前 (2023/10/27 15:02), 6月前編輯推噓1(1推 0噓 18→)
留言19則, 4人參與, 6月前最新討論串1/1
就是啊，如題，想請問有KD/KO或其他方法鑑定過的抗體有那幾家呢。 相信各位科科偶爾會遇到一個情況，就是買到的抗體很爛，這裡的爛是指認到相似位置的 band，但根本就不是目標蛋白（亂雜交的那種）。 舉例來說，我就曾經發生過我要以WB確認siRNA knockdown的效率，但是A抗體怎麼壓都不 成功，B抗體卻可以看到prorein表現量如QPCR的結果表現量降低。 我也遇過以CRISPR/Cas9 knockout後PCR/gDNA定序確定切掉了，但是C、D抗體一直有壓到 protein band且跟parental 一樣多。直到換了E抗體後才確定確實有成功。 坦白說，市面上這種爛抗體很多，甚至很多知名大廠的抗體也有這種情況，很多還掛牌好 幾家在賣，所以現在在買抗體，都會盡量優先選擇特別標註或是做過KD/KO validate的抗 體，踩雷的機率也低很多。 所以想請問各位的心得與想法。以及想請問有KD/KO或其他方法鑑定過的抗體有那幾家呢 。 我知道Ab牌, gt牌部分比較新的抗體都會標註。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 101.12.46.124 (臺灣) ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1698390133.A.41C.html ※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 10/27/2023 15:03:52
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10/27 15:14, 6月前 , 1F
小弟才疏學淺，想知道為何C、D抗體就不算成功？
10/27 15:14, 1F
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10/27 16:03, 6月前 , 2F
預期心理吧，當然DNA層次確實不見得會100%反應於蛋
10/27 16:03, 2F
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10/27 16:03, 6月前 , 3F
白質層次，這可能要探討機轉了，頭會很痛。但我做過
10/27 16:03, 3F
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10/27 16:03, 6月前 , 4F
好幾次確實是還了抗體後ko的細胞確實沒有表現蛋白。
10/27 16:03, 4F
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10/27 16:04, 6月前 , 5F
*換
10/27 16:04, 5F
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10/27 20:04, 6月前 , 6F
CRISPIR切完有很多狀況發生,驗一下WB真的比較保險
10/27 20:04, 6F
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10/27 20:04, 6月前 , 7F
比如說,切掉exon1,結果有exon1b,切掉ATG卻出現inframe ATG
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10/27 20:05, 6月前 , 8F
或切中間後面exon,結果細胞用的是alternative exon
10/27 20:05, 8F
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10/27 20:06, 6月前 , 9F
只是有一定比例的抗體是用overexpressed lysate確認而已
10/27 20:06, 9F
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10/27 20:06, 6月前 , 10F
endogenous看不到或錯認的情況必然會發生
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10/27 20:12, 6月前 , 11F
不過找一隻可以用在適合需求如IP,IHC,Flow等,還是比有沒有
10/27 20:12, 11F
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10/27 20:12, 6月前 , 12F
KO/KD validation 來的重要
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10/27 20:17, 6月前 , 13F
我認為KO/KD最重要的賣點是買來堵住reviewer的嘴用
10/27 20:17, 13F
確實CRISPR knockout就是希望能切到沒有protein表現呀。沒認到相對安心很多，不然做 起來心裡都卡卡的。 另我是學做抗體出身的，以前老闆都會掛在嘴邊，不要驗到overexpression的protein就 很爽，要再多方確認。因為對額外大量的外來蛋白產生抗體本來就是理所當然的會認到也 不奇怪，但是這些抗體能不能認到endogenous 才是最重要的。然後針對PTM的抗體，要確 認是不是“真的”又更難了。 ※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 10/28/2023 08:14:10
推
11/02 12:04, 6月前 , 14F
Abcam, Genetex部分抗體有KO data
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11/02 12:06, 6月前 , 15F
沒看到你最後一句…目前大多是單株抗體廠商才會砸資源做KO
11/02 12:06, 15F
對呀，我目前只有看到這兩家，所以才會想問問還有沒有候選的，以及大家的意見。好希 望抗體商能跟專門KO賣細胞株或是siRNA的廠商有合作，我覺得對彼此的商品都有更進一 步的保障，增加消費者信心。 ※ 編輯: maurice9325 (101.12.46.124 臺灣), 11/02/2023 15:42:46
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11/03 20:01, 6月前 , 16F
GTX之前有針對沒圖的品項給feedback就能自選一支當贈品
11/03 20:01, 16F
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11/03 20:07, 6月前 , 17F
KO/KD未嘗不可,也不用花大錢,但或許使用者不在意有無驗證
11/03 20:07, 17F
給換不囉嗦很好。但是更重要的是實驗時間呀。相對時間錢是小事了，但這就像一直在tr oubleshooting，身心俱疲。 然後就是，我認為科學上應該要更務實，就像學到的應大膽假設小心求證，但是時間與KP I帶來的壓力往往導致老闆們甚至自己不能把妥善求證做好，這樣很不好。 最後小抱怨一下，我的經驗gt牌與sc只能賣老鼠抗體牌，這兩家換抗體相對是乾脆的。某 CS大廠與MP大廠麻煩的要死，毛很多然後又很拖，時間耗更久。 ※ 編輯: maurice9325 (49.216.28.158 臺灣), 11/04/2023 05:16:54
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11/04 11:59, 6月前 , 18F
我指的不是換抗體,而是讓實驗室用KO/KD data換coupon或任
11/04 11:59, 18F
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11/04 12:01, 6月前 , 19F
選等值抗體當回饋的方式,這無關無效抗體換貨的issue
11/04 12:01, 19F
瞭解，看懂了。我覺得這樣有互利的做法很好。我自己是很在意確認結果，畢竟怕給了錯 誤的資訊。 ※ 編輯: maurice9325 (49.216.28.158 臺灣), 11/04/2023 13:31:45
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