［求救］Proteome analysis 結果判斷

看板Biotech作者 (今天沒吃藥)時間2年前 (2021/08/27 19:34), 2年前編輯推噓2(2推 0噓 6→)
留言8則, 4人參與, 2年前最新討論串1/1
手機排版，若不方便閱讀還請見諒。 本人沒有proteome的相關經驗，但最近看paper時，作者給了一張 proteome analysis 的 結果，並下了 ABCB1 表現量被上調的結論 （圖片如下） https://i.imgur.com/26toU3D.jpg
ABCB1 log FC 數值是 -0.45323，我自己的理解是負的，表示表現量較低，但剛好跟作者 的結論相反，這是第一個疑惑的地方。 p-value 和 FDR 這兩個沒有問題，t 和 score （是Z-score嗎？）代表的意義是什麼就 不太了解。 但作者除了圖片上的說明外沒有給額外的資訊，也無從查起如何判讀，因此想詢問版上是 否有人能幫我解惑。 謝謝大家！ ※ 編輯: Meno (61.63.154.37 臺灣), 08/27/2021 19:41:49
推
08/28 11:45, 2年前 , 1F
是不是其實負的才是表現上升的意思呢
08/28 11:45, 1F
→
08/28 11:46, 2年前 , 2F
log(0.1)=-1以此類推log值爲負數則Fc小於1的正數
08/28 11:46, 2F
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08/28 11:57, 2年前 , 3F
舉例LogX=-0.45, X=0.3548
08/28 11:57, 3F
非常謝謝關於數值解惑，原來是我數學不好的部分，好像能明白作者的意思了！
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08/28 21:01, 2年前 , 4F
要看作者是拿哪個樣本當分母去算 FC，一般是拿控制組，
08/28 21:01, 4F
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08/28 21:01, 2年前 , 5F
不過如果是拿實驗組(腫瘤樣本)當分母，FC 小於 1 那就
08/28 21:01, 5F
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08/28 21:02, 2年前 , 6F
表示在腫瘤中是增加了。
08/28 21:02, 6F
推
08/28 22:27, 2年前 , 7F
既然是用Student's t，t應該是指t分布的值。P-value是從t
08/28 22:27, 7F
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08/28 22:27, 2年前 , 8F
值轉換而來的。Score不知。
08/28 22:27, 8F
謝謝兩位的回答，真的幫大忙了！！！ ※ 編輯: Meno (223.136.81.200 臺灣), 08/29/2021 18:08:44
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