[求救] ChIP兩組蛋白量不同

看板Biotech作者 ( )時間6年前 (2018/06/08 23:42), 編輯推噓0(0推 0噓 10→)
留言10則, 3人參與, 6年前最新討論串1/1
想請教各位（可能是個笨問題 但我查了好久好像沒看到類似的討論） 我有wt和ko兩組 想看某個transcription factor在這兩組裡對於target site binding的 變化 但有個小問題是在ko組 這個transcription factor的量可能稍低 雖然western看起來差 不多 但mRNA稍低 如果我放的antibody量足以抓住所有的TF 這樣我看到在ko組有binding下降的現象似乎會 被質疑是本來TF量就少？ 還是理論上antibody不會抓到所有的protein 所以我抓下來的TF理論上是一樣多？ 還是我想太多= = 先感謝大家 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 216.195.1.196 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1528472550.A.844.html
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06/09 00:38, 6年前 , 1F
可以定量Ab跟蛋白啊 不過一般ChIp投的Ab都遠超過蛋白
06/09 00:38, 1F
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06/09 00:38, 6年前 , 2F
量吧 雖然kinetics沒有考慮進去 請ChIP大指正
06/09 00:38, 2F
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06/09 00:38, 6年前 , 3F
我覺得你想太多
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06/09 01:25, 6年前 , 4F
Ab不會抓到所有protein,至少一般1.5ml vial的操作應該不行
06/09 01:25, 4F
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06/09 01:26, 6年前 , 5F
target site沒意外的話,在單一細胞genome只會有2個site
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06/09 01:30, 6年前 , 6F
如果TF量在兩株細胞只是些微差異,應該不影響ChIP的結果
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06/09 01:33, 6年前 , 7F
而且實際操作上,ChIP-PCR如果只是10-20%差異,你也不敢用
06/09 01:33, 7F
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06/09 01:39, 6年前 , 8F
畢竟多了amplify,要相信wt與ko不同,至少要看到倍數差異
06/09 01:39, 8F
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06/09 19:48, 6年前 , 9F
感謝樓上兩位的解答 ChIPqPCR出來兩組差異是挺大的 這樣我
06/09 19:48, 9F
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06/09 19:48, 6年前 , 10F
更有信心了！
06/09 19:48, 10F
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