[求救] RNA seq DEG分析

看板Biotech作者 (wy90241)時間6年前 (2017/12/25 23:32), 6年前編輯推噓3(3推 0噓 7→)
留言10則, 2人參與, 6年前最新討論串1/1
大家好最近在分析轉錄體資料有一些疑問 實驗室之前有做RNA-seq，留下了database 物種為沒有reference genome的魚類，實驗流程為 sequencin >> De novo assembly(trinity) >> Bowtie2跟RSEM進行定量 目前想從資料庫撈某幾個有興趣的基因，看表現量上的差異 但分析後發現，同一個annotation的結果會對應到不只一個unigene 上網爬文有找到別人也有類似的問題 https://www.google.com.tw/amp/s/www.researchgate.net/post/Why_do_I_get_multipl e_contigs_with_same_annotation_in_transcriptome_analysis/amp 討論串的回覆是有可能為isoforms，或來自同個基因的不同片段 可以用軟體的方式來解決這個問題。 我的問題是： 1.可以取片段長度最長unigene當作代表嗎? 2.是否一定要用其他軟體分析? 我是覺得利用其他軟體進行分析(目前知到的有Corset)會比較好 但目前無法獨自完成 不知道大家有沒有甚麼建議或是其他辦法 目前對生物資訊還不太熟，再請大家不吝指正 非常感謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.121.71.219 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1514215960.A.9FF.html ※ 編輯: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:33:42 ※ 編輯: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:35:32 ※ 編輯: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:36:10 ※ 編輯: wy90241 (140.121.71.219), 12/25/2017 23:36:35
推
12/26 07:49, 6年前 , 1F
可能是isoform/gene duplication, 生物資訊是一種分析
12/26 07:49, 1F
→
12/26 07:49, 6年前 , 2F
策略，在genome未知之前，軟體跟挑選策略都是間接證據
12/26 07:49, 2F
推
12/26 07:53, 6年前 , 3F
所以論文都不會講怎麼挑選，因為講明了只會製造更多紛
12/26 07:53, 3F
→
12/26 07:53, 6年前 , 4F
爭，倒不如用其他證據證明挑的是正確
12/26 07:53, 4F
推
12/26 21:27, 6年前 , 5F
1.用片段最長的當代表是常用的做法, 只要後續的實驗或
12/26 21:27, 5F
→
12/26 21:27, 6年前 , 6F
推論合理即可 2.在Genome未知的狀況下，沒有軟體可以
12/26 21:27, 6F
→
12/26 21:27, 6年前 , 7F
提供正確答案
12/26 21:27, 7F
→
12/27 00:02, 6年前 , 8F
了解，感謝L大的建議與討論!
12/27 00:02, 8F
→
12/27 00:05, 6年前 , 9F
就想說奇怪，看了好幾篇論文怎麼都沒說是用什麼來當判定
12/27 00:05, 9F
→
12/27 00:05, 6年前 , 10F
的標準，感謝解惑！
12/27 00:05, 10F
‣ 更多 wy90241 的文章
文章代碼(AID): #1QGHeOd_ (Biotech)