Re: [討論] 三重複定義--問題二

看板Biotech作者aaaazzzz (找英文家教)時間7年前 (2017/07/24 18:55)推噓4(4推 0噓 39→)

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※ 引述《day112 (ken)》之銘言： : As title : 通常細胞實驗都會要求 three independent test : 但最近遇到我覺得蠻困惑的問題， : PI 表示用同一組sample triplicate 即可。 : 我自己是定義這種叫技術性三重複啦...... : 但我以為所謂三重複應該是biological repeat,這個實驗室貌似認為首先biological rep : eat不容易，二來技術性三重複的SD才會小，data才漂亮。 : 想請教板上先進前輩，所謂三重複的定義是什麼呢? 對於d大提到的說法，的確是有點誇張，正常的PI不會想把sample跑三次， (d大實驗是醫生嗎？有大數據的概念，還是有鑽研過過統計？知道要達到統計上的差異，一個是增加樣本數如同樣實驗做個一百次，但因N無法大就想辦法讓SD儘量縮小) 尤其現今又有"Simple Western"，同樣的sample load進去， Error bar極小，(或者根本一模一樣吧) 照d大實驗室的說法，只要做實驗一定有統計上的差異。 (只是別人無法repeat，下次實驗室另外個成員來做，結果可能相反且還是有統計差異) 對於三重複我也有些疑惑，為了簡化問題，以下都以Western blotting的例子來提問，大家常用的作法應該是使用三代的細胞分三個不同時間跑？還是趕時間直接分成三組細胞？使用三代的細胞來跑應是符合多數人的認可，但假設加了A藥之後，實際上(指多數有經驗的操作者)會造成實驗組B基因的表現相對於控制組上升20%，老闆預期的結果也是實驗組相對於控制組要得到上升的趨勢，利用三個時間點來跑，實驗組相對於控制組可能得到105%, 120%, 135%，但上面的結果很遺憾沒有達到統計上的差異，(以雙尾p<0.05視為統計上顯著差異) 以WB來說因為步驟繁瑣，沒跑過上百片技術上要小於20%真的很有難度， (還有某些實驗先天上的誤差根本就超過這數字)，所以對於某些paper用定量在band上標示個1, 1.1(但視覺看不出差異)，實在很難讓人相信這樣的實驗能夠repeat。因此，所以我會告訴學弟妹找題目要找個倍數相差很多的，最好差個100倍，(但通常沒這麼好做的題目，這種題目一定很容易發現，老早就被做光了) 因為我知道碩班二年的訓練(實際做實驗一年半就要偷笑了)，要讓實驗誤差極小是不大可能。回到剛剛的例子，(指實驗組相對於控制組得到105%, 120%, 135%) 上述的狀況大家會多做一組以達到統計上差異嗎？還是PI就說直接取135%的圖，看起來差異最大，不須多跑？同樣的例子， (實際上(指多數有經驗的操作者)會造成實驗組B基因的表現相對於控制組上升20%，) 讓一個新手操作，他得到實驗組相對於控制組的數據為70%, 120%, 170% (平均仍為120%) 可以注意到第一組的樣品(實驗組相對於控制組)看起來是下降，但另外兩組的樣品是上升，想請教各位的老闆的作法會如何呢？ (1)讚，取170%那一組，這新手做的圖差異性比老鳥還棒 (2)已做三重複，趨勢大致呈現上升，符合預期，準備下一步的實驗 (3)雖然做三重複，但二上升一下降，再多做一次，至少要有三次上升的結果 (4)再做個幾組，例如後來得到150%, 160%，到時去掉70%與120%，取150%, 160%, 170%，就能有統計上差異 (5)為了追求科學真理，要不斷重複，直到統計上的p值小於0.05 (6)找別人來repeat實驗再請各位版友提供點實際操作的意見，雖然這是某種較為苛刻的例子 (實驗組僅較對照組上升20%，但如果確定真的上升就代表對生物體有某些意義，不能忽視它的存在)，大家也都知道第五個做法最符合科學，但第五個作法可能讓一個研究生花了三個月都還在做同一個實驗，如果手殘，根本沒機會畢業。再請諸位先進提出見解，感謝！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 210.60.122.154 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1500893721.A.51D.html

推

airrooco

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blence

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blence

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