[求救] 4C-sequencing 的定序資料如何處理?
大家好，
請問版上有沒有做過 4C-seq 或其他高通量定序的前輩？
我手上有一筆 4C-seq 的數據，
它是原始的定序資料 (fastq)，
我要怎麼把這筆資料和 genome 的序列做 alignment？
我上網搜尋軟體但是找到的軟體都不知道要怎麼使用，
我的作業系統是 Windows 7 x64，
希望版上有做過高通量定序資料分析的前輩能教我
要用什麼軟體分析定序的原始資料，
或是在 Wondows 作業系統下那些軟體要怎麼使用？
謝謝！
--
※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.126.39.94
※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1467882065.A.1C4.html
→
07/07 17:13, , 1F
07/07 17:13, 1F
這個 4C 的實驗是我自己設計的，
所以我知道 viewpoint (VP)用的酵素和 primer 序列，
只是我現在要用 sequencing 的 raw data 去找 VP 跟哪些地方有 interaction，
所以我要把去掉 primer 序列後的 reads 序列去跟 genome 做 alignment，
找出有 interaction 的區域。
所以我想請問有沒有軟體能夠讓我把 genome 序列和 4C-seq 資列丟進去後，
自動幫我把 reads 放到 genome 上並做出在 paper 看到的那種圖。
像這種的：
http://goo.gl/HpkZyl
http://goo.gl/q2jJFL
感激不盡！
※ 編輯: xxtomnyxx (120.126.39.94), 07/07/2016 17:26:25
推
07/07 19:29, , 2F
07/07 19:29, 2F
→
07/07 19:29, , 3F
07/07 19:29, 3F
→
07/07 19:30, , 4F
07/07 19:30, 4F
→
07/07 19:30, , 5F
07/07 19:30, 5F
推
07/07 19:33, , 6F
07/07 19:33, 6F
推
07/07 22:50, , 7F
07/07 22:50, 7F
哇哩咧！為什麼會需要兩個星期啊 QAQ
難到要我自己用組合語言寫一個程式來 alignment 嗎......
※ 編輯: xxtomnyxx (111.80.92.137), 07/07/2016 23:04:46
推
07/07 23:05, , 8F
07/07 23:05, 8F
推
07/08 00:09, , 9F
07/08 00:09, 9F
→
07/08 00:09, , 10F
07/08 00:09, 10F
→
07/09 16:56, , 11F
07/09 16:56, 11F
→
07/09 16:56, , 12F
07/09 16:56, 12F
→
07/09 16:57, , 13F
07/09 16:57, 13F
所以在 PC 上真的沒救了嘛 QAQ
個人是覺得這種分析軟體真的得用組語寫，
看過 C++ 或其它物件導向語言編譯成組語後的樣子，
也難怪 PC 上的程式有夠沒效率....
只是不管我怎麼算，
這程式都會把記憶體塞爆啊！
光 mouse genome 塞進去就快 3G 了......
※ 編輯: xxtomnyxx (114.44.24.77), 07/10/2016 00:19:05
推
07/10 02:26, , 14F
07/10 02:26, 14F
推
07/10 02:29, , 15F
07/10 02:29, 15F
→
07/10 02:30, , 16F
07/10 02:30, 16F
→
07/10 02:32, , 17F
07/10 02:32, 17F
推
07/10 02:49, , 18F
07/10 02:49, 18F
→
07/14 04:43, , 19F
07/14 04:43, 19F