[求救] 限制酶一起進TBE膠跑～Band會歪斜

看板Biotech作者 (小e)時間8年前 (2016/06/24 13:37), 8年前編輯推噓1(1推 0噓 12→)
留言13則, 6人參與, 最新討論串1/1
抱歉！第一次在本版上發問有踩到雷，或有人問過先說聲抱歉因為沒搜到... 問題 http://i.imgur.com/cGvw23L.jpg
用0.5X TBE 2% agarose 100V直接跑含有限制酶截切過的PCR產物（沒純化.酵素還在裡面） 結果發現看起來在primer dimers的地方好像都會有不明壓力把band擠歪，詳細如下： （DNA＋2X Ampliquin Mix Red＋Primers＋水的產物直接用限制酶＋對應Buffer，作用 完後直接跑0.5X TBE 2%agarose 100V膠30min） 在確定不是膠沒做好的前提下，發現不管跑幾次都會像圖片這樣歪斜把ladder跟產物擠掉 像是以前跑的也會有同樣情形 http://i.imgur.com/F26LP3J.jpg
應該也不是TBE容液沒配好，請問有解嗎？ 不知道有沒有漏講什麼隨時補充～感謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.112.60.5 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1466746661.A.920.html
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06/24 14:35, , 1F
TBE不用1X卻用2X的理由是？
06/24 14:35, 1F
推
06/24 14:40, , 2F
歪斜通常是因為RE buf的鹽影響,純化過會改善
06/24 14:40, 2F
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06/24 15:07, , 3F
感謝！2X 說錯是0.5xTBE、膠是2%
06/24 15:07, 3F
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06/24 15:12, , 4F
你真的用2x tbe跑就不會被re的鹽影響了
06/24 15:12, 4F
所以如果我提升TBE跑膠的倍數理論上鹽類影響band歪斜可以獲得改囉？我來試試
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06/24 16:22, , 5F
可以在產物裡面加限制酶用的Buffer調整鹽度
06/24 16:22, 5F
感謝！好～我來對看看原產物裡面到底含有哪些鹽類可以透過Re buffer來調整濃度～ ※ 編輯: eric0120000 (140.112.60.5), 06/24/2016 16:34:24
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06/24 18:17, , 6F
講錯了QQ 是在沒限制酶Buffer的部分加 (如Ladder
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06/24 18:17, , 7F
反正就是把所有泳道的鹽度調到差不多就可以了
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06/24 19:51, , 8F
好唷！感謝大大們的幫忙
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該不會是 NEBuffer 吧 XD
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如果只是切 RE 確定 DNA 是正確的而不是要做 gelextrat
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ion 的話，我都用總體積 5 uL 去切，之後用水稀釋到 15
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06/24 20:09, , 12F
uL 才拿去跑膠，這樣也是能改善。
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06/25 00:02, , 13F
有NEB也有CutSmart!感謝提供這方法我會試試看！
06/25 00:02, 13F
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