[求救] 詢問利用點突變 deletion primer設計

看板Biotech作者 (polomi)時間9年前 (2015/06/09 13:48), 編輯推噓1(1推 0噓 9→)
留言10則, 4人參與, 最新討論串1/1
大家好 最近剛把一個質體構築好， 等定序的回覆。 目前是在設計如何將其中一段N端去除， 長度為65個AA， 195的bp， 整個質體大小為3757 bp， 使用的KIT為 QuikChange@Lightning， http://www.genomics.agilent.com/primerDesignProgram.jsp?&_requestid=212447 有使用這個網站去設計， 他所提供的bp Primer Name Length (nt.) Tm Duplex Energy at 68 °C Energy Cost of Mismatches del375-569-an 32 81.62℃ -49.77 kcal/mole 84.90% del375-569 32 81.62℃ -48.73 kcal/mole 85.22% 想請問後面的兩樹質分別帶別何義? 想請問有人做過類似的點突變的實驗嗎? 有那些地方要多加注意的? 感謝大家了~~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 120.107.165.123 ※ 文章網址: https://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1433828929.A.B21.html
→
06/09 14:20, , 1F
去除一段就不叫『點』突變了。你可以 google 下關鍵字：
06/09 14:20, 1F
→
06/09 14:20, , 2F
PCR based mutagenesis。我想這應該是你需要的。
06/09 14:20, 2F
→
06/09 14:22, , 3F
基本上設計的 primer 是在同一區域，去掉你想刪掉的位置就好
06/09 14:22, 3F
→
06/09 14:29, , 4F
別管網站設計,直接把del兩端各約16~20mer拼湊起來就是了
06/09 14:29, 4F
→
06/09 15:34, , 5F
其實網站上也是直接拼接起來前後16個bp @@
06/09 15:34, 5F
→
06/09 15:34, , 6F
v想請問那這樣的話 Tm溫度要設多少為佳?
06/09 15:34, 6F
→
06/14 03:16, , 7F
去掉一段哪叫點突變...
06/14 03:16, 7F
→
06/14 16:17, , 8F
抱歉 可能要說利用點突變的KIT做片段去除的方式
06/14 16:17, 8F
推
06/15 09:43, , 9F
溫度用預設的就好了。若有問題，可以考慮初始下調1~5度。
06/15 09:43, 9F
→
06/15 10:07, , 10F
感謝您
06/15 10:07, 10F
‣ 更多 polomi 的文章
文章代碼(AID): #1LTdv1iX (Biotech)