[求救] DNA 跑膠 capacity

看板Biotech作者 (tomosuke)時間9年前 (2014/08/12 13:16), 編輯推噓0(0015)
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想請問一下 一般 Agarose gel (1%) 小片膠 (6個well) 跑多少sample最適當呢? ----------------- 我要做DNA recombination 其中的insert 來源是用maxi-prep的plasmid (切2刀後會有5000+500的band) 跑RE digestion(total volume 25ul) 後 加入loading dye (6.25ul ,所以整管體積會有32ul左右) 我是直接把整管加進6 well 的小膠跑 上面5000多的band則是很胖(大概從1kb marker 4000~6000的寬度) 500bp則是不太明顯 或很淡 之後跑gel extraction產量也很低 我一直以為是enzyme沒切好/壞掉/東方神秘力量 今天跟老師討論才知道跑膠有capacity這件事 那請問一般6 well的gel大概多少DNA去跑會比較適當呢? (之前老師有說 把3個well挖在一起跑 我當初單純以為只是怕sample會滿出來..... 謝謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc), 來自: 140.109.32.9 ※ 文章網址: http://www.ptt.cc/bbs/Biotech/M.1407820579.A.E37.html

08/12 13:23, , 1F
total volume 25ul含多少plasmid?
08/12 13:23, 1F

08/12 13:25, , 2F
看不懂所謂well capacity指的是DNA總量,或sample體積
08/12 13:25, 2F

08/12 13:28, , 3F
0.5K會看起來比5K淡是正常的,相同莫耳數下 質量比約 10:1
08/12 13:28, 3F

08/12 13:29, , 4F
6 well的total量下到 1~2ug 都還OK
08/12 13:29, 4F

08/12 13:36, , 5F
2 /25
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08/12 13:39, , 6F
我想問DNA可load的總量
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08/12 13:39, , 7F
太多resolution會不好吧?
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08/12 13:39, , 8F
但不知多少比較好
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08/12 13:41, , 9F
如果你切了2ug DNA全部跑下去,你大概能回收150ng~200ng的
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500bp DNA
08/12 13:41, 10F

08/12 14:50, , 11F
5000bp的亮度>500bp很正常啊
08/12 14:50, 11F

08/12 15:29, , 12F
well的容積可以自己用尺量並計算得知,也跟膠的厚度相關
08/12 15:29, 12F

08/12 15:33, , 13F
咦?我看錯了,不要理我 (另,2ug/well 應該不會有什麼問題)
08/12 15:33, 13F

08/12 16:28, , 14F
我知道5000會亮很多 但我5000上面 (超過 marker 10kb
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還有奇怪的雜band
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文章代碼(AID): #1JwQCZut (Biotech)