[求救] RNA品質品質差可以繼續作RT嗎？

看板Biotech作者 (異三構體蛋白質)時間11年前 (2013/05/07 23:33), 編輯推噓3(3推 0噓 10→)
留言13則, 7人參與, 最新討論串1/1
目前抽RNA的目的是要上Q-PCR看基因表現 處理程序為2-STEP 大致如下 1.抽RNA，定量 2.取定量RNA，逆轉錄合成cDNA 3.cDNA定量，取一定量cDNA上Q-PCR 我RNA抽壞了 也有抓了出錯原因 260/280約為1.6～1.9 應有genomicDNA污染 因為材料得來不易所以捨不得丟 而我的想法是逆轉錄的過程中也會使用有DNAse的酵素處理 且合成完之後還是會定量ssDNA的量再上機 所以我認為這樣RNA應該還是可以用 想請問版大們的意見與指教！ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.168.68.50
推
05/07 23:42, , 1F
1. 如何定量ssDNA?
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2. 既然有gDNA污染，那你怎麼取定量RNA?
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05/07 23:44, , 3F
3. 假設cDNA可定量，又另取上qPCR，那何苦定量RNA做RT?
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4. Real-time的話是RQ，定量誤差有一定的空間。
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05/08 00:27, , 5F
RT 過程中有DNase 那你轉出來的 DNA 還會在嗎!!!!
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05/08 00:56, , 6F
有smear就不能做Real-time，沒有smear還勉強可以
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應該是先DNase處理>>純化>>然後反轉錄，這樣比較保險/ \
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推
05/08 08:42, , 8F
如果真的是genomic DNA的關係,然後你primer 是跨exon
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那樣倒是可以試試
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DNASE處理－＞純化 －＞反轉錄 這樣做最穩
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多半天工 省的你日後好幾天想東想西
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05/10 18:32, , 12F
genomicDNA質也是260/280
05/10 18:32, 12F
推
05/11 10:16, , 13F
你qPCR的primer沒有設計跨intron嗎？
05/11 10:16, 13F
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