[求救] Transformation 超級怪囧

看板Biotech作者 (會死人的高跟鞋)時間11年前 (2013/04/24 21:19), 編輯推噓1(1015)
留言16則, 5人參與, 最新討論串1/1
前情提要: 目前手上正在接一個 vector 9.6K/insert 1.5K 的construct vector使用割膠回收取得 inster使用PCR取得 以molar ratio I:V=3:1 的量 使用T4 ligase室溫作用3小時後轉到JM109 heat shock後塗抹在LB+Amp的固體培養基 o/n之後 培養基上有長出菌落 (我有作vector only的培養基 沒有長) 挑將近10個菌落作colony PCR(同時也有另外塗一盤保留,以下稱plate-B) primer一條使用vector上的 一條使用insert上的 跑膠後在正確的位置上有出現明顯條帶 -----問題開始--------------------------------------------------- 為了再次確認是否得到正確construct 我挑了Plate-B上的菌落 用liquid LB+Amp養小量 想抽plasmid 再用限制酵素去切確認片段大小 奇怪的是 我Plate-B上的菌落丟到liquid LB+Amp 12個小時之後什麼都沒長 再挑幾個菌落去作也是一樣什麼都沒長出來 我確定我液態跟固態培養基所使用的Amp濃度是一樣的 (而我同時也有進行另一個construct 使用同一罐液態培養基結果很正常) 因此還煩請版上有經驗的朋友多多給我意見 我還不想放棄這次的結果Q_Q -- ◣ ? ◣ ………… ◣ ╯╰ ╮╭ //// ◤ ~ ~ ﹀ \ < \ / / 要有 │ │ V V 禮貌歐 ┴─┴ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.168.64.47

04/24 21:33, , 1F
同時塗兩盤,為什麼會覺得plate-B是雜菌...
04/24 21:33, 1F
請問同時塗兩盤的意思是?雖然我也不覺得plate-B是雜菌XD

04/24 22:07, , 2F
我的clony pcr第一次check很多都有false-positive的
04/24 22:07, 2F

04/24 22:08, , 3F
band..我建議你可以重用第一次p出來的primer再
04/24 22:08, 3F

04/24 22:08, , 4F
p plate-b的菌落,這樣就知道plate-b上的還是不是你要
04/24 22:08, 4F
如果是false-positive band的話 養菌是不是應該還是可以長得起來? 但後續用酵素確認會切不到正確的大小這樣 另外也非常非常感謝您的建議 我明天再試試看! ※ 編輯: lucky1300 來自: 118.168.64.47 (04/24 22:21)

04/24 22:18, , 5F
V:I=3:1? 正常不是應該是1:3
04/24 22:18, 5F
嗯嗯是的 感謝提醒一時打太快沒注意! ※ 編輯: lucky1300 來自: 118.168.64.47 (04/24 22:27)

04/24 22:28, , 6F
原po不是說塗一盤挑c-PCR,另一盤為plate-B,不是同時塗兩盤?
04/24 22:28, 6F

04/24 22:29, , 7F
有些不見得是原因,不過你這case不該用JM109,對plasmid>6k容
04/24 22:29, 7F

04/24 22:30, , 8F
易不好,許多操作手冊會寫,另外大plasmid或有recombination
04/24 22:30, 8F

04/24 22:31, , 9F
用c-PCR想必容易false
04/24 22:31, 9F
我作的順序是用tip從原始那盤挑一個菌 在另外一盤(plate-B)劃一道 再來就直接在加好PCR藥劑的tube裡攪一攪這樣 不好意思沒有講清楚 我之前有接過幾個大於10K的plasmid 因為JM109用得順手所以就一直使用也沒去看手冊囧 非常非常感謝B大的提醒 :) ※ 編輯: lucky1300 來自: 118.168.64.47 (04/24 22:36)

04/24 22:32, , 10F
再確認此cloning問題是源自vector,還是該insert在其他Vecto
04/24 22:32, 10F

04/24 22:34, , 11F
也會,如果是後者,就不適合用該vector慣用方式處理
04/24 22:34, 11F

04/24 22:36, , 12F
我有幾個大contruct送進Ecoil長的起來,但只要把plate或mini
04/24 22:36, 12F

04/24 22:37, , 13F
冰箱,要嘛長不好(6h看到有濁,12h卻澄清死光光),也常空包彈
04/24 22:37, 13F
從大家過去的經驗我猜應該是vector的影響比較大 那我會再去看看原始的vector是被轉到哪個菌裡 非常感謝您的熱心! ※ 編輯: lucky1300 來自: 118.168.64.47 (04/24 22:44) ※ 編輯: lucky1300 來自: 118.168.64.47 (04/24 22:45)

04/25 13:44, , 14F
PCR有擺negative control嗎?
04/25 13:44, 14F

04/30 09:05, , 15F
這麼大的plasmid 用電的也許成功率會高很多吧?
04/30 09:05, 15F

04/30 09:06, , 16F
菌養不出來 可以養個抗amp的ecoli 做control 排除器材
04/30 09:06, 16F
文章代碼(AID): #1HTzlUXo (Biotech)