[討論] luciferase assay相關問題

看板Biotech作者 (游水的魚)時間13年前 (2013/03/22 13:11), 編輯推噓5(5016)
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麻煩大家 解決我面臨到的問題(如果做出來,我就可以順利畢業了>"<) 以下是我的問題: 我找到兩個miRNA,然後用線上預測網站去預測他的TARGET GENE 找到之後,在細胞內大量表現我的miRNA 用WESTERN BLOT 看到我要看的PROTEIN 表現量有下降(先偷看有沒有作用) 之後就要用LUCIFERASE ASSAY去證明,我的miRNA會不會直接跟我的TARGET GENE BINDING 但是我的Luciferase 沒有被壓下來或是有時候有壓下來。我調過target gene與miRNA之間的比例(1:1,1:3,1:4) 也看過Transfection 24hr,48hr 這樣的結果是在說明,我的miRNA跟我的TARGET GENE沒有直接Binding的關係嗎??? 這樣子,我又要如何走我的下一步呢???? 麻煩你們給我一點方向 以下是我transfection 的condition transfection reagent:lipofetamine LTX Seeding in 24 well plate 每個well的plasmid量 A miRNA construct 250ng target gene construct 250ng renilla 13ng opti-mem 50ul B lipo 2ul opti-mem 50ul A+B MIX 在加入WELL中並補400ul medium 過3hr換medium 放24hr 麻煩各位了(鞠躬~~) -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.121.119

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有沒有直接binding,我想還是需要個control (mutant)
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transfection看起來問題應該不大,先確定target的UTR序列
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然後miRNA是否真的over-expressed。
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construction是自製還是commercialized product?
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必要時可以考慮RIP跑Ago2看看
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都是自製construct的
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RIP跑Ago2是???
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有直接看binding的方法是cotransfect AGO2跟target UTR後IP
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AGO2下來跑qPCR來看。類似ChIP的作法。
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另外reporter的作法需要mutant form做nega. cont.比較好
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你找到的miRNA targeting 的gene序列是在 5'-UTR 上嗎?
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一般來說 Luc Assay 檢測的是 gene promoter 的活性,
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如果 miRNA 作用的序列是在 CDS 上,是不能用 Luc Assay
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去看的吧?
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一般通常是3'UTR,luc assay可以把該基因的UTR放fluc的3'
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市面上也有這類型的reporter system。pMIR-report系列等
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mutant要一起做+1
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另外推薦psiCHECK-2,有IRES-drived internal control
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方便又好用
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但這也是用3'-UTR
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你有每次都確認miRNA有作用嗎? 如果沒有的話....
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文章代碼(AID): #1HI-VaOW (Biotech)