關於Methylation Primer 設計

看板Biotech作者 (oleic)時間13年前 (2013/02/27 16:24), 編輯推噓3(3推 0噓 6→)
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想請問一下 關於MethPrimer這個程式所設計出來的PRIMER 我是用Pick primers for bisulfite sequencing PCR or restiction PCR 這個選項 來設計PRIMER 在輸入完序列 按下Submit後 會出現程式設計好的PRIMER 想問的是: 為什麼它所設計出的PRIMER 僅有A T G三個鹼基?(Forward primer) 我知道 當沒有甲基化的C經過bisulfite處理後會變成U(T) 可是在DNA中 應該不會所有的C都沒有被甲基化吧! 那這樣程式設計出來的PRIMER 我需要去做更動嗎? 謝謝大家 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 203.71.2.84 ※ 編輯: otneiv 來自: 203.71.2.84 (02/27 16:29)
推
02/28 14:33, , 1F
我想是因為這種primer不能包含可能被甲基化的CpG site
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所以所有的C理論上在處理後會轉成U。
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02/28 22:06, , 3F
對耶!有這種可能說不定! 感謝~ 先試試看軟體設計的結果如何
02/28 22:06, 3F
推
03/01 20:33, , 4F
msp是在primer上設計有甲基化的位置
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但BSP是要看這段序列上的甲基化程度
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要是他有甲基化位置 你根本不知到要怎麼設計
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所以一般設計BSP的primer會避開甲基化的位置
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推
03/01 20:40, , 8F
而MSP則是由PCR產物的有無判別是否有甲基化
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03/03 19:54, , 9F
感謝指導!!
03/03 19:54, 9F
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