[求救] DNA序列與胺基酸序列整合

看板Biotech作者 (Purple)時間11年前 (2012/11/15 20:30), 編輯推噓6(6017)
留言23則, 4人參與, 最新討論串1/1
各位前輩好, 目前小妹手上已有完整粒線體DNA序列以及粒線體各基因的胺基酸序列 現在要將他們整合成完整的檔案,類似像↓ 5'- A TGATAAGTAC TATTATTTCA ATCATCTTTA AAACGCTTGC AATAATAATA………-3' M M S T I I S x x x x x x x x x x ……… 有沒有可以把DNA與胺基酸彙整成完整排序的軟體呢?? 應該不會是用word慢慢一個base一個base推吧@@?! 序列總長有接近20K的長度耶...... 之前有用過lasergene的seqbuilder的功能,是可以這樣彙整,形式也是我要的沒錯, 但是就是多了各基因中胺基酸的排序號碼和translation ruler, 讓整個畫面都充滿線條,也無法取消讓畫面很乾淨, 把translation ruler取消的話連同胺基酸都會不見只剩下DNA序列..... 其實排序完成後,我要的就是只有完整DNA和排序好的胺基酸這樣, 然後能夠編輯界定各基因的頭尾,但是都無法get... 請問版上大大有沒有解決的方法呢? 小妹先在這裡跪謝了! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.117.232.110 ※ 編輯: betrue1986 來自: 140.117.232.110 (11/15 20:32)

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旁邊 有一個 show translation 點進去 給他序列
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出來就是你要的,不過在網頁上,你在整個複製貼到WORD
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整個就是你要的格式,試試看吧
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b大 我貼序列進去後按submit沒有動作耶@@!
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阿 有了 只是旁邊有數字 那這樣只能一次輸入單個基因?
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最後若要呈現全部序列 一排100個nt 最旁邊有100.200
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等數字 是不是就是要自己KEY?!
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你會不會弄錯個@@我看了一下只有60.75.95.105....
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我沒看到你說的SHOW 100.200耶 我的蛋白90幾Kda都可以用
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DNA 2K多...你確定你是用DNA Figures→Show translation
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b大誤會了 我的意思是 最後要呈現的個數 每行是100nt
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然後 因為基因與基因間會有IGRs是不能夠轉譯成胺基酸的
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所以是不是 就只能個別基因逐個手動貼上的胺基酸?
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如果你中間IGRs也要用我就不知道了@@"
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還有~這不用選擇適合物種的codon嗎?
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如果不能辨別IGRs 除了第一個基因 後面都要慢慢推了QQ
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特定物種那就codon optimize..上面有一篇有推薦軟體....
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我知道的是codon對應的胺基酸應該大致固定,是含量的問題
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但或許我認知是錯的....
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SerialCloner,免費好用!
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後面的基因好像還是要逐個推 但還是謝謝b大和a大喔!!
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文章代碼(AID): #1GfE1F7m (Biotech)