[討論] RNA沉澱的方法???

看板Biotech作者 (軒)時間13年前 (2012/06/05 09:36), 編輯推噓1(1推 0噓 5→)
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實驗室抽取RNA通常是使用pine tree法 Phenol/Chloroform wash後取上清液 加入sample 1/4體積的10M LiCl (最終濃度2M) 在4度C沉降overnight 處理DNase之後加入其stop solution並加熱 就直接進行RT-PCR (不clearn up) ---------------------------------------------------------------------------- 然而這次實驗室打算送樣進行microarry 按照廠商protocol的話 處理完DNase需要以Phenol/Chloroform 去除DNase 之後500ul sample加入 60ul 3M Sodium acetate (pH=5.2) 1ul Glycogen (5mg/ml) 1mL ice-cold 100% EtOH 並在-80度C沉降overnight 因為實驗室沒有Glycogen....想請問用這2種方式沉降RNA有什麼差別嗎??? 另外因為時間安排上有點趕... 如果處理完DNase再以Phenol/Chloroform wash後 用沉降DNA的方式沉澱幾個鐘頭 (isopropanol 或 NaCl & EtOH) 會有什麼影響嗎? 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.115.48.144
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06/05 14:16, , 1F
超過 2ug 可以不加 glycogen
06/05 14:16, 1F
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06/05 14:17, , 2F
-20 o/n 或是 -80 半小時，之前看板上說-80不要放太久
06/05 14:17, 2F
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06/05 14:19, , 3F
這樣不會很久啊，可以照原protocol做沒有問題吧:)
06/05 14:19, 3F
推
06/07 10:03, , 4F
我們實驗室用方法2,不加glycogen也ok!但是我們都是-20 O/N
06/07 10:03, 4F
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06/07 10:17, , 5F
感謝! 最後為了省時間 嘗試用isopropanol+NaCl -80 1hr
06/07 10:17, 5F
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06/07 10:18, , 6F
好像也沉澱的出來沒啥差別 可能我們量都滿高的所以沒差XD
06/07 10:18, 6F
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