[討論] protein marker與膠的percentage

看板Biotech作者 (Hikaru)時間13年前 (2012/05/10 19:22), 編輯推噓12(12推 0噓 22→)
留言34則, 7人參與, 最新討論串1/1
今天和實驗室學姐閒聊時 討論到marker是否會因SDS-PAGE的percentage不同 而會使marker所標示的分子量大小與datasheet有所差異 我認為是不會有影響 比如說我們家用的maker上頭標示是Tris-Glycine 4-20% 如下網址所示 http://www.genedirex.com/?p=462 我認為廠商所賣的marker如果會依膠的percentage不同 而會使得marker大小有所差異 那他就不應該賣這樣商品啊( ‵□′)───C＜─___-)||| 但我後來在網路上搜尋到 有人說"Prestain protein marker 在不同濃度的SDS-PAGE中可能代表不同的大小" 如下網址 http://vipweb20.vipcase.net/html/front/bin/ptlist.phtml?Category=151455 害我又開始懷疑自己的想法是否是真的 因為有時候明明蛋白是80kDa 留75kDa以上卻把band給剪掉的事情也是有發生過 (且之前之前用其它家marker留72kDa以上東西又沒被剪掉 所以蛋白預測大小應該無誤) 不曉得大家的想法如何呢?? -- 世界は美しくなんかない。そしてそれ故に、美しい。 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 114.36.55.152
推
05/10 20:26, , 1F
4-20%是梯度膠的意思吧......
05/10 20:26, 1F
推
05/10 20:26, , 2F
是buffer不同才會造成顯著差異吧？
05/10 20:26, 2F
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05/10 20:30, , 3F
我回1F:我以為是說4到20%的膠都適用 所以是我誤會了?
05/10 20:30, 3F
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05/10 20:35, , 4F
且那兩支marker的data sheet都是寫4-20%Tris-glycine
05/10 20:35, 4F
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05/10 20:37, , 5F
F大 您誤會了 請看網址中"Q：Protein marker常見問題"部分
05/10 20:37, 5F
推
05/10 22:43, , 6F
回樓上，請問我誤會的點是@@? (你說的我有看過了，認同)
05/10 22:43, 6F
推
05/10 22:47, , 7F
回原PO，我記得那個圖確實是梯度膠的意思
05/10 22:47, 7F
推
05/10 22:55, , 8F
不可能4%還可以把11和17分開
05/10 22:55, 8F
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05/10 23:28, , 9F
了解 但不管我以多少%gel去跑 每一條marker的大小應該
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05/10 23:29, , 10F
不會有變是嗎?
05/10 23:29, 10F
我又找到一個marker的參考圖 看起來是在同一種buffer中marker大小不變 但buffer不同時就會有變化 不知道這樣的解讀對不對? http://www.fermentas.com/en/products/all/SM067 (參見Figure1) ※ 編輯: yllai1029 來自: 114.36.55.152 (05/10 23:35)
推
05/10 23:43, , 11F
我想應該以你買的MAKER的廠商為準
05/10 23:43, 11F
推
05/11 00:05, , 12F
通常切膠的時候不會剛好只切1個區間(正負0.5區間)
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05/11 00:06, , 13F
我會切三個區間(正負1.5區間) 不知道這樣寫看不看的懂 @@
05/11 00:06, 13F
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05/11 00:07, , 14F
簡單的說就是切大條一點才安全
05/11 00:07, 14F
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05/11 09:14, , 15F
所以意思是f大你應該也不會完全相信marker及抗體
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05/11 09:14, , 16F
而會抓比較大的range是吧
05/11 09:14, 16F
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05/11 09:15, , 17F
其實會切小通常是想跑一次就盡量把所有要看的東西都看
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05/11 09:15, , 18F
齊啦 只是有時候換別家marker總會遇到些意外0.0
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05/11 11:07, , 19F
而且有時候同一種蛋白質在不同細胞中
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05/11 11:08, , 20F
會有不同的形態,大小也會不一樣
05/11 11:08, 20F
推
05/11 14:36, , 21F
沒錯，我通常一片只會看3個PROTEIN，最多看到4個
05/11 14:36, 21F
推
05/11 15:18, , 22F
MOP專跑中分子量 MES專跑低分子量 Acetate是高分子量
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05/11 15:20, , 23F
配合適當的buffer可以拿到較準確的位置 如果又考量到
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05/11 15:21, , 24F
PTM情況分子量當然會有變動 SDS或LDS出來效果也有差
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05/11 15:22, , 25F
不能就單一膠體濃度來評論是否會影響到PROTEIN位置
05/11 15:22, 25F
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05/11 15:24, , 26F
而且在裁的時候失之毫里差之千里 歪個幾mm就差很多
05/11 15:24, 26F
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05/11 15:25, , 27F
與其去計較為何一片膠可以切多細看多少不如多保留一
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05/11 15:27, , 28F
點避免憾事發生 反正一樣都要三重覆ˊ_>ˋ 跑幾次又
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05/11 15:27, , 29F
沒差(SMAPLE珍貴就算了XD
05/11 15:27, 29F
推
05/11 19:02, , 30F
先跑一片完整的確認位置後 以後再裁切
05/11 19:02, 30F
推
05/11 23:44, , 31F
會不會是跟他們用來pre-stain的dye有關? 才會造成不同buffer
05/11 23:44, 31F
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05/11 23:45, , 32F
中MW會有些許的不同
05/11 23:45, 32F
推
05/11 23:47, , 33F
不同顏色的dye是會有差 拿去當marker的蛋白每家也不
05/11 23:47, 33F
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05/11 23:48, , 34F
一樣 buffer不同造成位置不同是鹽類跟pH值的關係
05/11 23:48, 34F
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