[求救] NCBI和UCSC的差異

看板Biotech作者 (利傑)時間12年前 (2012/04/29 13:20), 編輯推噓1(1推 0噓 10→)
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發問時請注意，若是要問實驗相關的問題，請將實驗的步驟、所用的條件大致列出 以方便板友幫您追蹤問題 ----請將上列注意事項以 ctrl + k 刪除後開始編輯文章---- 各位好： 我利用UCSC查詢promoter sequence 因為UCSC可以直接從promoter -1000或別的數字開始給你sequence 所以一直用得好好的～ 但最近突然有點疑惑到+1位置是否從UCSC的exon開始算 所以利用NCBI的nucleotide來比對,卻發現詭異的事情 從NCBI查的mRNA的序列居然比UCSC exon少50 base 查了書後我對於transcription認知如下 ========================================= genome +1 ================================== pre-mature RNA ( )( ) () ( ) non-coding non-coding exon exon1 exon2 exon ====================== spliced RNA ( )( )()( ) 所以我把UCSC上用大寫表示的exon開始算為non-coding exon,也就是+1位置, 拿來和NCBI的mRNA一開始的序列（UTR位置）比較 但一直搞不懂為什麼NCBI就是少了50bp >< 我還從NCBI裡直接連到UCSC,但就和我原本用的就是一樣的來源 請各位是否可為我解惑，感激不盡 這困擾我好久了....... 話說我查到的sequence又和1990的paper位置又不一樣... 這又是怎麼回事＠口＠？ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.24.116
推
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ncbi, 你手邊1990的paper 有沒有cite在序列的資料裡.
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04/30 02:56, , 2F
ucsc跟ncbi資料庫其實不完全相對, 再加上ensembl就更複雜了
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04/30 02:57, , 3F
建議1. 抓1990paper給的序列, 2. 都抓下來自己align @_@"
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謝謝樓上,但1990那篇paper並沒有我要的長度orz..
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而且其實NCBI我不會查promoter sequence
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所以我才一直用UCSC用得很開心:p
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那篇paper只有說某factor binding site位置,和我標的不同><
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04/30 11:21, , 8F
所以mRNA的第一個nt可以算是+1位置嗎？<=我是這樣算才不同
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05/07 20:29, , 9F
UCSC 上有很多種送上去或註解的 mRNA。你要比對accession #是
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否相同，很多都是 5' 没讀完就馬上送上網路。另外，ensembl也
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05/07 20:31, , 11F
有人性化可供目視判讀的基因結構，和 UCSC 差不多。
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