[求救] 中研院shRNA transfect至細胞中

看板Biotech作者時間14年前 (2012/02/28 21:45), 編輯推噓11(11022)
留言33則, 10人參與, 最新討論串1/1
大家好,最近我在中研院訂了兩株基因的shRNA菌液 (為pLKO.1 vector) 自己用TB養大量抽取以後,老師教我先試試看直接transient transfect至293細胞中 目的是想確認這兩組shRNA是否真的在細胞中有作用 奇怪的是完全都沒有knock down 在這之前我都確認了 1. shRNA已定序過,的確是辨認我想要的基因 2. 大量DNA用phenol/chloroform沉澱過,有跑膠且測定OD260/280為1.6-1.7 3. 抗體已確認過可用,我曾經外加表現此基因至293細胞,major band有增加的現象 4. 我確認自己trasfection的技術沒問題,還請其他人幫忙做過,也無 K.D.的反應 我在中研院訂這兩組shRNA時,它還有feedback表示兩組的K.D.效率都有70% 不知道版上有沒有人曾經拿過中研院的shRNA轉染到細胞有K.D.成功的,想請教心得 感謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 125.232.26.135

02/28 21:48, , 1F
沒有selection嗎?
02/28 21:48, 1F

02/28 21:49, , 2F
沒有耶,因為只是暫時性表現而已
02/28 21:49, 2F

02/28 22:20, , 3F
transient transfection效果都很差 做成病毒才真正有效果
02/28 22:20, 3F

02/28 22:21, , 4F
不知道為啥 中研院這系統很tricky
02/28 22:21, 4F

02/28 22:23, , 5F
篩成stable會有效 但會比病毒感染差
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02/28 22:25, , 6F
還有feedback只能參考 自己做常常都不會到那個效率...
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02/28 23:25, , 7F
謝謝樓上!
02/28 23:25, 7F

02/28 23:25, , 8F
我再試試看其他組,或著直接做lenti virus試試
02/28 23:25, 8F

02/29 02:49, , 9F
它每個gene應該都有至少五組plasmid
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02/29 02:50, , 10F
建議全部買來試
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02/29 02:51, , 11F
另外用lentivirus效果真的才會好 不然就用puro篩吧
02/29 02:51, 11F

02/29 03:20, , 12F
transient transfection +puro 細胞會死一大票
02/29 03:20, 12F

02/29 03:21, , 13F
等篩成stable又要一段時間 建議你還是直接包lentivirus
02/29 03:21, 13F

02/29 03:23, , 14F
原po的狀況跟我一樣 相信我 不要試了 直接包病毒最快
02/29 03:23, 14F

02/29 04:42, , 15F
不用篩stable阿 把存活的收下來壓western就好了
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02/29 20:03, , 16F
transient效果難拿捏 KD效果每個clone都有差
02/29 20:03, 16F

02/29 23:06, , 17F
今天跟老師討論,他提到實驗室之前也有人訂過中研院的
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02/29 23:09, , 18F
shRNA,並強調之前的人有用transient的方法做成功過....
02/29 23:09, 18F

02/29 23:13, , 19F
謝謝各位的意見,我會再試試
02/29 23:13, 19F

03/01 09:50, , 20F
我是用Nucleofector 去轉染 effiency還頗高!
03/01 09:50, 20F

03/01 12:52, , 21F
嘖嘖 還有人在跟中研院的shRNA奮戰
03/01 12:52, 21F

03/01 12:52, , 22F
用RNAi比較快啦
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03/01 20:45, , 23F
transient要注意protein half life的問題(之前被陰很久)
03/01 20:45, 23F

03/01 21:40, , 24F
@@ 樓上上是指中研院的shRNA不好做嘛? 另外protein half
03/01 21:40, 24F

03/01 21:41, , 25F
life是指要先確認這個蛋白質在細胞內會表現多久嘛?
03/01 21:41, 25F

03/02 09:17, , 26F
因為shRNA是degrade mRNA,所以新的protein不會做出來
03/02 09:17, 26F

03/02 09:18, , 27F
但舊的protein還會在,那舊的protein要多久會自然被degrade
03/02 09:18, 27F

03/02 09:19, , 28F
掉,你可能要查一下,因為transient進去的shRNA效用也不久
03/02 09:19, 28F

03/02 14:31, , 29F
樓上good point!!!
03/02 14:31, 29F

03/02 15:38, , 30F
就是sancra說的那樣 才會做virus比較好...
03/02 15:38, 30F

03/02 15:40, , 31F
transient的window其實可以很小 被你觀察到是賺到...
03/02 15:40, 31F

03/02 22:40, , 32F
瞭解,謝謝大家給的資訊:)
03/02 22:40, 32F

03/07 15:11, , 33F
如果不是需要stable clone, siRNA比較快啦。真的。
03/07 15:11, 33F
文章代碼(AID): #1FJDfeCu (Biotech)