[求救] 關於primer 設計與區別物種基因的問題

看板Biotech作者 (Goodday)時間14年前 (2012/02/15 15:48), 編輯推噓3(305)
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發問時請注意,若是要問實驗相關的問題,請將實驗的步驟、所用的條件大致列出 以方便板友幫您追蹤問題 ----請將上列注意事項以 ctrl + k 刪除後開始編輯文章---- 比如某基因的兩物種cDNA 如下 在某段末端有一個差異 V human 5'....GACCCCTTCATTGACCTCAACTAC...3' ||||||||||||||||||||||| mouse 5'....GACCCCTTCATTGACCTCAACTAT...3' 如果針對該差異設計針對human的引子 5'-GACCCCTTCATTGACCTCAACTAC-3' 而另一端也用同樣概念使用引子末端的差異 這樣設計單一base的差異 是否能用來進行PCR 以區別物種的cDNA? 按理說那個末端base由於在mouse cDNA match不到於是 extend無法進行 自然無法進行PCR 是這樣嗎? 想問是否這樣就足以設計物種專一的primer? 或這本來就是常用的方法? 又或者有其他設計的方法? 先感謝分享指教~~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.60.122.200

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只差一個bp太小了吧,感覺還是P得出來XD
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02/15 20:51, , 2F
我認為理論上是可行的,而且我去GOOGLE到有人這麼做過耶~
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PCR Methods for Identification of Point Mutations and
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Gene Rearrangements (Springer Protocals)
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理論上來說3'最末端的差異會讓polymerase無法extend and
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synthesize新股的DNA strand,但實際情況可能就非得實驗
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才能求證了。
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類似找SNP的ARMS PCR http://ppt.cc/6,bf
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文章代碼(AID): #1FEsDH0o (Biotech)