[討論] 請問shRNA lentiviral infected cell選擇

看板Biotech作者 (凰呀的鳴叫~)時間14年前 (2011/11/15 17:16), 編輯推噓6(6推 0噓 7→)
留言13則, 7人參與, 最新討論串1/1
先前從中研院RNAi Core 買了五種不同target A sequence的 shRNA 之後感染到細胞 以western 證明其中三個可以 抑制A蛋白合成 接著再以分化培養基 培養此細胞 想了解A蛋白對細胞分化的影響 結果只有一種 shRNA可以抑制細胞分化 可是我覺得應該是抑制的三種shRNA都會影響到細胞分化 這邊有點讓我困惑 我有以NCBI BLAST去看是否shRNA有影響到此分化路徑上的重要蛋白 可是似乎是沒有 所以 想請教是否有相關文章 或是想法可以提供一下 謝謝 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 120.126.35.154
推
11/15 22:47, , 1F
唯一抑制那個knockdown效果是最好的嗎? 有沒有相關性?
11/15 22:47, 1F
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11/16 00:03, , 2F
三個抑制蛋白的效果大約在80%
11/16 00:03, 2F
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11/16 00:04, , 3F
所以若從蛋白被抑制量來看 可能沒辦法和細胞分化扯上關係
11/16 00:04, 3F
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11/16 00:05, , 4F
現在打算先壓壓看上下遊幾個關鍵蛋白的量 再來想這問題@@
11/16 00:05, 4F
推
11/16 15:53, , 5F
microRNA effect?
11/16 15:53, 5F
推
11/16 21:48, , 6F
樓上是指ceRNA?
11/16 21:48, 6F
推
11/16 23:33, , 7F
悲觀想法 可能只是off target effect
11/16 23:33, 7F
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11/16 23:45, , 8F
OFF TARGET 是有可能沒錯 不過NCBI BLAST那看是可能性不高
11/16 23:45, 8F
推
11/17 00:47, , 9F
分化前後的細胞其實性質不完全一樣 所以有些KD效果也會改
11/17 00:47, 9F
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11/17 00:48, , 10F
變 可以分化的細胞是不是WB一樣有KD效果呢?
11/17 00:48, 10F
推
11/17 13:40, , 11F
三個只有一個有 phenotype 就是 off target effect
11/17 13:40, 11F
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11/18 00:56, , 12F
可以分化的細胞 蛋白表現量正常 樓上說的沒錯 只是也不完
11/18 00:56, 12F
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11/18 00:57, , 13F
全是那樣
11/18 00:57, 13F
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