[求救] 單一PCR產物進行雙向定序,卻出現多重序列的結果
我遇到的問題是這樣的:
已經確認PCR產物只有一條,沒有雜band,長度700bp,此產物內並無重複序列
從F端進行定序,大約定到400bp以後開始出現多重序列
從R端進行定序,大約定到500bp以後開始出現多重序列
而且重複實驗以後所得的定序結果都一樣,
連多重序列開始發生的位點,甚至連訊號都一樣
(例如此一位點是AC的多重序列,且A的強度大於C的強度,三次的定序結果都一樣)
簡單示意圖如下:
X是合併F和R端定序結果後,所得到的完整PCR產物序列
F是F端定序的結果,是很清楚的單一序列
R是R端定序的結果,是很清楚的單一序列
-表示定序結果出現多重序列的位點
FFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFFF----------------------
5' XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 3'
------------------RRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRRR
想問一下是什麼樣的原因導致單一PCR產物的後半段出現多重序列?
有沒有辦法可以解決這個問題,好讓後半段的定序結果變好呢?
先謝謝各位版友的熱心解答
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