[求救] protein-protein interaction問題

看板Biotech作者 (singing)時間13年前 (2011/07/20 10:52), 編輯推噓2(2推 0噓 11→)
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我將 SDS-PAGE 上約 85KDa處的蛋白進行挖膠、in gel digestion 並送至生技公司進行 LC/MS/MS 得到分子量約 70KDa的 putative蛋白 但是 我用來純化此蛋白的tag分子量大小約30-40 Kda 若是 MS 分析正確，則必須解釋為何 70KDa+ 30KDa 小於 85KDa? 為了證明 MS 結果正確性，我又多送一次 LC/MS/MS分析，並得到相同的putative結果 以目前結果來看，我蠻確定此蛋白為我目標蛋白 但是，就是沒辦法解釋為何 70KDa+ 30KDa 會小於 85KDa? 懇請請板上的強者替我解答 -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.52.104
推
07/20 12:26, , 1F
30kDa的蛋白是tag還是beit？
07/20 12:26, 1F
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07/20 13:26, , 2F
是tag
07/20 13:26, 2F
推
07/20 20:42, , 3F
你tag N端還C端? 如果是C端 你有送看看N端定序嗎?
07/20 20:42, 3F
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07/20 20:43, , 4F
簡單想法就是你純化的蛋白可能部分已經degrade掉了啦
07/20 20:43, 4F
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07/20 20:44, , 5F
另一個想法是 你看到85KDa是單純從protein marker看的?
07/20 20:44, 5F
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07/20 20:51, , 6F
根據SDS-PAGE的原理 其實有時候並不會正確跑到該有位置
07/20 20:51, 6F
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07/20 20:52, , 7F
因為蛋白本身的電荷跟是否有modify等等影響還不小
07/20 20:52, 7F
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07/20 20:53, , 8F
如果是degrade的話 你可能就需要N端C端都一個tag
07/20 20:53, 8F
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07/20 20:53, , 9F
然後做兩次連續的純化
07/20 20:53, 9F
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07/21 00:01, , 10F
感謝大大的解答! 我問到的解釋大多也是degrade掉了
07/21 00:01, 10F
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07/21 00:01, , 11F
雖然這是不願意接受的事情XD 再次感謝大大解答!!
07/21 00:01, 11F
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07/21 01:25, , 12F
SDS-PAGE決定分子量是"非常不準確，但是堪用"的方式
07/21 01:25, 12F
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07/21 01:26, , 13F
請小心服用
07/21 01:26, 13F
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