[討論] oligo/primer的blast工具演算方法

看板Biotech作者 (a chain of stories )時間13年前 (2011/01/21 16:07), 編輯推噓4(4推 0噓 17→)
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最近和實驗室同學討論序列alignment的問題, NCBI,CLC這些工具程式提供的alignment都是如同word搜尋一樣, 只能夠找出"有連續鹼基相符"的位置,例如: ATTCGGATTCGGATTCGG (<---一個primer) 結果1: ATTCGGATTCGGATTCGG (<---target序列) 結果2: ---CGGATTCG------- (<---非專一binding) 結果3: -------TTCGGATTCG- (<---非專一binding) 我們好奇的是,假使有段序列是斷斷續續與primer相符的,要怎樣找出來？ 例如: ATTCGGATTCGGATTCGG ATT-GGA-TCG-ATT-GG <---用blastn無法被偵測出來 上面這個例子我實際拿NCBI的程式去run,結果完全抓不到這種有gaps的結果 有試圖調整過程式演算法的係數,也沒有什麼改變 有人研究過這個問題嗎？ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.112.52.126 ※ 編輯: FDynasty 來自: 140.112.52.126 (01/21 16:08)
推
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我想的是這樣斷斷續續是否有辦法結合的上 此外Tm值也不同吧
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primer沒辦法黏gap啦
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推
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當然不會找到具有gap的結果...因為你用的是BLAST
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BLAST:Basic "Local Alignment" Search Tool
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他只做local alignment搜尋 並不會加gap進去找
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你講的下面加入gap的 叫做global alignmnet
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兩個是不同的方法 結果呈現和運算速度都有差
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推
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就像你說的 local只針對相同或相似的片段做搜尋
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global則是會加入gap使序列長度一至後再尋找可能的排列
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global通常用在multiple sequence alignment 以多條序列
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的資訊組合出最有可能的排列方式
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但NCBI資料庫序列有幾千萬條 還要應付全世界的人的使用
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若是用一條序列要求global的方法 幾台超級電腦都不夠算
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喔喔原來這個原因，有猜到這種演算法的運算負荷會很大...
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謝謝說明!
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一二樓兩位是說有gap就一定無法黏嗎? 假設gap只有2,3個
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又不會太集中在一起的話,會不會還是有機會?
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DNA backbone是很硬的 一個loop至少是五個nt吧
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想想primer才多長怎麼折
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嗯我真的忘了考慮到cost的分母非常小這件事...
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推
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ncbi不是有primerBLAST
01/22 19:15, 21F
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