[求救] 兩個胺基酸序列的比對

看板Biotech作者 (owl628)時間13年前 (2011/01/12 23:53), 編輯推噓7(7推 0噓 7→)
留言14則, 8人參與, 最新討論串1/1
請問假如想要比對兩個物種中 A蛋白質的相似度similarity()以及相同度(identity) 請問有甚麼軟體可以幫我進行這樣的分析 我找了一些可以進行mutiple sequence alignment的軟體 都找不到有顯示相同度以及相似度(也可能是我不會設定@@) 不知道有沒有人可以分享可以簡單進行這樣分析的軟體 拜託了!!!!!,麻煩大家,謝謝~ -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 118.168.101.47
推
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我知道NCBI的protein-protein blast可以
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推
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http://au.expasy.org/tools/ 中的Similarity search
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應該有些連結可以幫你~我覺得很多網頁比軟體好用耶!
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推
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NCBI的序列比對應該就足夠
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多序列比對反而不易呈現你要的訊息 因為 你到底要比哪兩個
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所以就使用兩兩比對的模式
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跑一個蛋白質序列親源樹不就知道了? BioEdit/Mega都可以用
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可是他只有兩個物種
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只要多種比較 就不太可能呈現相似相同度之值 兩兩比才能啊
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推
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ncbi可以做phylogeny tree阿 叫cobalt吧找找看
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01/14 17:56, , 11F
謝謝大家的意見^^
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推
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expasy上應該會有不少運算網站，可以去找找看。
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推
01/15 22:41, , 13F
Genedoc
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推
01/22 10:53, , 14F
EMBOSS
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