[求救] 我的PCR有Negative control的問題?

看板Biotech作者 (黑嚕嚕)時間15年前 (2010/11/22 05:08), 編輯推噓8(8018)
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各位大大 我最近跑PCR的negative control都會有band,我們實驗室其他人也都遇到一樣的問題 而且band的大小每個人都不一樣,都剛剛好跟自己主要sample P出來的大小一樣 我試了一些方法想找出原因,但是結果越來越奇怪 我先說明一下大致的方法: 我的negative control是用DDW(滅過菌並分裝)當template 兩股primer也都會從stock中分裝出來,primer夾出來片段的大小約900bp Taq酵素的使用非常頻繁,應該不會有汙染的狀況 ------------------------------------------------------------------------------ 實驗的材料做一個說明 我的DDW分為 舊DDW(原本使用的)及新DDW(新分裝到tube中) primer分為 舊primer及新primer ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 第一個實驗:有加我的樣品一起跑,但是NC都是先加的 NC:舊DDW+舊primer 結果:NC跟我的樣品跑出一樣大小的band ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 第二個實驗:純粹跑舊DDW+舊primer (不加其他sample) 跑11管 結果:全部都有大約900bp淡淡的band ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 第三個實驗:有舊DDW.新DDW+舊primer.新primer sample 結果(O.X) O代表有band;X代表沒有band ——————————————————— 1.舊DDW+新primer F+R X 2.舊DDW+新primer F X 3.舊DDW+新primer R X 4.舊DDW X 5.新DDW X 6.新DDW+舊primer F+R O 7.新DDW+新primer F+R O 所以懷疑是新的水有汙染 ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~ 第四個實驗: sample 結果 ————————————————— 1.舊DDW+舊primer F+R X -與第1.2次實驗不符 2.舊DDW+新primer F+R O -與第3次實驗不符 3.新DDW+舊primer F+R O 4.新DDW+新primer F+R O ------------------------------------------------------------------------------ 真的非常感謝耐心看完以上內容的大家 我寫的不知道大家有沒有了解 如果看懂我打的內容,希望可以給我一些建議 因為要做分析實驗,所以需要NC 如果解決不了,其他的data都不準確 拜託!!拜託!! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.227.162.43

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以前有沒有人做過類似的sample呢 有的話可能是從舊sample
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還在環境中造成的contamination,試看看去其他bench操作
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完全隔絕你現在用的東西,置於實驗的不一致,可能跟每次
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contamination多少和primers bind到contaminants上的狀況
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不同而異吧
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酵素使用頻繁是指很快就會用完嗎? 不然在共用情況下
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又使用頻繁 很容易有汙染的情形
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實驗室有其他人拿自己ㄉsample去間lab做,NC一樣會跑出
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跟他sample一樣大小的band,酵素是買混好buffer的,所以
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平均一管不到一個禮拜就用完了,且我第一個實驗跟第二
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個實驗用的酵素都不同管,我都是第一個開封的人
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我甚至跑到操作台裡面做NC也會有BAND
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pipetman也是用其它lab的嗎
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用filter tip看看是不是pipet的問題
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去其他lab就是用他們lab的pipetman與tip
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看你第四個實驗,很像是水的問題...瓶子洗一洗,重新裝水吧
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primer再重新稀釋
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primer是用什麼水稀釋的?
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我們的primer都是用TE稀釋的,目前我把primer跟水都換
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過了,而且都拿去曬UV,目前結果是OK的!希望可以維持久
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一點(曬UV的只有水)謝謝大家提供的意見!!!
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小建議供參考 先以乾淨的血清瓶裝水(100ml即可)
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滅完後再以1.5ml tube分裝供PCR相關使用
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如此較可確保不會因公用而汙染這些物品
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不過比較耗tube就對了~參考囉!
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推樓上,我之前都是這樣做的~反正水很便宜,用完一次就丟了
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文章代碼(AID): #1CwOf827 (Biotech)