Re: [求救] 如何在cDNA中移除已經reverse transcri …

看板Biotech作者 (無聊就是力量)時間15年前 (2010/09/22 07:46), 編輯推噓3(3推 0噓 9→)
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※ 引述《Menuet (無聊就是力量)》之銘言： : : 各位版友先進好 : : 我最近在做環境的cDNA library， : 但是抽完RNA以及反轉錄好所有的cDNA後(我是用random hexamers做cDNA)， : 才發現這裡的cDNA可能還包括很多rRNA和tRNA， : 可是如果要定序， : 這樣會花太多錢在定rRNA和tRNA上， : 而我的主要目標是mRNA。 : 然而查閱文獻資料後， : 發現大部分的方法都是在轉成cDNA之前就已經清除了那些rRNA和tRNA了， : 所以想請教一下， : 有沒有什麼方法是可以在合成cDNA後再清除的? : : : 感謝! : : -- : ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) : ◆ From: 142.157.130.197 : 推 reinherd:我是家RNaes, 我用qiagen的cdna kit裡面有副 09/22 03:32 對不起我沒說清楚， 目前我的狀況是， 所有個RNA基本上都已經是ssDNA了， 因為對定序而言， 如果訂出來一堆tRNA或是rRNA的序列是很浪費錢的事情， 我們的目標主要還是針對mRNA， 所以現在想知道說如何把cDNA裡面的非mRNA所轉成的ssDNA都去除。 謝謝! -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 142.157.206.34
推
09/22 09:58, , 1F
google看到這家 參考一下
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09/22 09:59, , 2F
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09/22 09:59, , 3F
Ambion 喜歡出各種purification kit
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09/22 16:04, , 4F
根據以往做cDNA library的經驗，要先抽完totall RNA後再用
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09/22 16:05, , 5F
poly-T抓mRNA~將mRNA純化出來之後再作成雙股再作成library
09/22 16:05, 5F
推
09/22 16:08, , 6F
突然看到你作環境的cDNA？？所以物種是環境的什麼阿？細菌？
09/22 16:08, 6F
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09/22 16:09, , 7F
如果原核的話，沒聽說有在做cDNA的，因為不就是genome?
09/22 16:09, 7F
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09/22 23:24, , 8F
因為我主要target是原核生物，所以沒有polyT...
09/22 23:24, 8F
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09/22 23:26, , 9F
應該是polyA...(抱歉我剛才說錯XD)
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09/22 23:28, , 10F
抱歉造成誤解，我應該用ssDNA來描述而不是用cDNA。
09/22 23:28, 10F
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09/22 23:43, , 11F
我做的是Metatranscriptomics的的研究。
09/22 23:43, 11F
推
09/23 12:09, , 12F
CsCl梯度離心也許是個方法?
09/23 12:09, 12F
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