最近開始進行ChIP assay後發生了一點小問題想請大家幫忙...
實驗材料：Millipore ChIP assay Kit
實驗步驟：參照實驗廠商的實驗步驟，起始細胞數每組都為1*10^6，DNA回溶體積為50ul
實驗問題：我實驗分為3組，分別如下...
Mock組(Beads only)
IgG crtl組(4ug rabbit IgG)
Target protein組(4ug Ab)
實驗進行到最後PCR確認時卻發現，在Mock與IgG組也會出現band，但是強度
比Target protein組來得弱，Taget protein組的訊號約是Mock與IgG組的3倍
左右。
PCR條件如下：(反應體積為25ul)
Primer(F)(50mM)：0.5ul
Primer(R)(50mM)：0.5ul
10X Taq buffer：2ul
2.5mM dNTP：1.6ul
Taq：0.08ul
Temp：5ul
ddH2O：16ul
PCR條件：94度，5min / 94度，30s / 60度，30s / 72度，30s / 72度，7min，
/ 4度，oo (30，33，35cycle都試過)
有幾個問題：
1. 我想請問大家是否在控制組的部份也會有band，如果有這個問題大家會如何
解決? 我已嚐試過的方式有降低cycle數，增加wash時間與次數，更換不同廠
牌的IgG(有大幅降低band的訊號但還是有)。
2. 所有組別都是以50ul的體積回溶的話，各組的DNA含量應當不同，那是否在進
行最後的PCR前能夠定量加入的Temp濃度呢，大家會用什麼方式做呢?
謝謝大家~~~小弟告退^^
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