[求救] blast的結果老是No significant similarity found...

看板Biotech作者 ( )時間16年前 (2010/01/15 13:04), 編輯推噓1(103)
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我是用PCR的方法來偵測是否有Tricomonas的感染 每次檢測都有一些sample無法判斷究竟是否陽性 它們都是single band,亮度正常,但較預期大小稍大一些 我把其中幾個的PCR產物純化之後送定序後做alignment 確定這些來自不同sample的PCR產物序列都相同 再將此序列用NCBI做blast (大小為482bp,不算太大) 結果卻是No significant similarity found.... 不同批實驗、不同個sample,做出來都是相同序列 所以我覺得序列本身應該沒有問題 但為什麼無法找到相符的資料? 希望板上有blast達人可以解決我的問題 或者告訴我除了NCBI之外,還有沒有別的資料庫可以用 感謝 > < -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 140.109.40.27

01/15 18:04, , 1F
BLASTN 若用錯資料庫 就會找不到哩
01/15 18:04, 1F

01/15 22:13, , 2F
database選others 若不選是內建比human的
01/15 22:13, 2F

01/15 22:16, , 3F
我原本就是選others,用的db是nt/nr
01/15 22:16, 3F

01/22 18:07, , 4F
d/b換成HTGS試試看呢?
01/22 18:07, 4F
文章代碼(AID): #1BJ_TB_8 (Biotech)