[求救] 關於cloning

看板Biotech作者 (只缺一個石敢當)時間16年前 (2009/06/04 15:35), 編輯推噓7(7020)
留言27則, 8人參與, 7年前最新討論串1/1
我的實驗是將RNA轉成cDNA後進行qPCR做基因表現的定量;在cloning的部份,之前在整理 材料與方法時,發現我以前的作法是RT-PCR反轉錄成cDNA後進行PCR,將PCR產物集合後 做clean up,之後直接進行ligation。 後來換到另一個實驗室,助理學姊反而不建議我做clean up,她的方法是cDNA進行PCR, 然後跑電泳膠,切膠進行gel extraction,產物再進行ligation。 而我去詢問她為什麼非得用gel extraction的時候,學姊的回答是因為確認反應為單一 產物。 但我不明白的是,在clean up之前,我也同樣有跑電泳確認,結果都是單一產物只有 一條band,既然如此,進行clean up 與 gel extraction有什麼差別呢? 我覺得gel extraction做出來的效率未必比clean up高,想問問有做過cloning的版友們, 在這個步驟中,gel extraction除了能純化出PCR產物外,是否有其他更重要的作用呢ꄊ 這個問題感覺很基本,但是我實在不敢去問情緒起伏較大的學姊orz 懇請版友們指引我個方向吧,感激不盡~T///T -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 210.243.44.57

06/04 15:45, , 1F
有時候膠看不到 不代表沒有其他BAND 只是保險吧
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06/04 15:47, , 2F
其實做的出來才是重點
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我接TA為了保險起見也是做Gel extraction
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我也是做Gel extraction 不過我想知道clean up是怎麼做的
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同一二樓! 我比較喜歡使用gel extraction~呵~成功率很高!
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喔喔!很感謝版友們回覆,我大概知道了,謝謝大家!
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我以前做clean up是用GeneMark的clean up kit,做法我貼網址
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另外一問,大家所說gel extraction的成功率,是指之後是否有
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clon到自己所要的片段嗎?要如何看回收的效率呢?謝謝~
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回收率的話就是再跑個膠就知道了~但通常我都直接接了!
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genemark那套回收率大概90%~50% 看切gel的技術而定
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成功率 其實就是最後你有做出你要的clone
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回收率即使差一點 ligation夠用就好了 看insert大小而定
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作膠體回收主要是最保險
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嗯嗯,真的非常感謝大家,尤其是c大,謝謝你的解答!>///<
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兩者都可以呀~ 沒有說一定要用哪個 兩個都做的出來唷~
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差別的話就是clean up可能會有你看不到的片段~
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不過如果band很sharp的話~我會選clean up
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gel extraction 多少都要接觸到UV 還可能接觸到EtBr
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gel extraction 可以較準確的回收到預期片段~
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但在major band的周圍可能也有其他 你看不見的雜band
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這兩個方法都有回收率的問題存在~
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總而言之~ 看情況而定 & 個人喜好吧~ 做的出來就好
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06/06 23:13, , 25F
嗯嗯,也謝謝N大的回應,很詳細!謝謝=////=
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11/11 01:30, , 26F
兩者都可以呀~ 沒有說 https://noxiv.com
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01/03 16:55, 7年前 , 27F
//www.hopeg http://yofuk.com
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文章代碼(AID): #1A9tb5T7 (Biotech)