[求救] 抽完RNA之後的電泳圖很扯

看板Biotech作者 (rearrangement)時間15年前 (2009/05/10 22:30), 編輯推噓6(6014)
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1%agarose電泳 http://www.wretch.cc/album/show.php?i=raxjimmy&b=13&f=1728006415&p=0 我用TAE buffer 100V 15min (參考版友) box我有用很毒的DEPC水(未滅菌)混酒精75%先處理過 TAE是用之前配的50X稀釋 只是這樣好像不算現配就是了 lane1 lamda phage 用HindIII處理 lane3&4 沒有用玻璃珠直接磨 lane5&6 加入玻璃珠磨 最後沉澱的量都差不多 都用20ul回溶 不過有兩個問題 第一個是ISP沉澱物看起來不夠透明 白白的 而且回溶也出現一點問題 不完全溶 而會留下一些纖維絲狀物 第二個問題是我加了ISP之後因為對於不vortex的步驟突然產生疑惑 於是就給他粗魯的攪動了...... 不過攪動之前我看ISP和trizol抽出的粉紅上清中間出現沉澱 這樣就是正常嗎? 還是其實一開始應該讓ISP跟trizol均質? 最後這樣的結果是我取10ul跑的 才這樣的亮度= =||| 260/280很糟 出現小於1就算了 還有0.1的 其實過程中發現很多步驟很不好處理的 比如說我用mortar處理完的sample一拿離開mortar 就會吸水氣變的很黏很難弄到eppendorf 最後回溶之後我才開始做aga膠 所以在冰上放了一下才跑電泳 不過如果中間步驟和器材都沒有污染的話 那這個圖是什麼意思 全滅了嗎= = 也沒拖尾 濃度低 分子量又小 跑的比bromophenol blue還快也太瞎了吧 所以是中間有污染摟? 第一次做 沒有一個部分跟我預期的一樣XD 真是一頭霧水 我用剩下的sample裝在50ml的離心試管 然後丟到液態氮桶 明天應該會再拿出來做一次 暫時只能想到步驟重複 然後ISP那裡不要搖晃 就照著protocol放10min然後離心 然後跑電泳測UV之後再比較 不過UV那個應該很明顯我抽失敗吧... 額外一問 配3%雙氧水可以買藥房的來稀釋嗎 經費問題 而且老闆對雙氧水實在不怎麼感興趣 所以我想自己去買一瓶配 畢竟是我在吸嘛XD -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 163.13.115.38

05/11 08:53, , 1F
260/280這麼低表示你protein沒去乾淨 不完全算是汙染
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但是原本細胞中的protein也沒分離乾淨 裡面可能很多RNase
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看你那band 應該是被分解光了 剩下的碎片RNA
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話說他有用力搖XDD...
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05/11 17:20, , 5F
可是加ISP之後分層很明顯阿= = 不均質一下會沉澱嗎?
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而且蛋白質沒分掉是因為我sample下太多嗎?
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05/12 00:42, , 7F
要均質啦,上下顛倒幾次就好了,不要大力搖...
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蛋白質沒分掉可能是你分層時吸到雜質...
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恩 寧願犧牲掉一點不吸,另外ISP太久 protein也會變性而
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沉澱下來
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ISP怎麼會跟粉紅色的一起? 第一歩不是加氯仿嗎?
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加氯訪離心之後的上清也是粉紅阿XD
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昨天做了第二次還是一樣 囧 打算重新取組織再做一次
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05/12 10:12, , 14F
組織我記得有建議量,不要取超量...RNA電泳正常有2個明顯band
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TAE gel分離效果不是那麼好...
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1% agarose gel(TAE) 分 1.8k 和 4.7k 的 rRNA 足夠了。
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OD 0.1 orz 會不會是有些酒精賴著不走了。
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有可能 我沒有放到完全乾就回溶了 因為pellet完全透明..
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11/11 01:28, , 19F
話說他有用力搖XDD. https://daxiv.com
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01/03 16:55, 5年前 , 20F
260/280這麼低表 http://yofuk.com
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文章代碼(AID): #1A1kJq63 (Biotech)