[求救] Primer前未加flanking base,BamHI能切嗎?

看板Biotech作者sleepyday (秋天又來啦~~~)時間15年前 (2008/11/15 16:54)推噓2(2推 0噓 2→)

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一般來說,在設計primer的時候通常都會在限制酶切位外多加1~3個flanking bases, 來讓restriction enzyme可以辨識到, 就像這樣: 5' cgcGGATCC......3' (前面的那3個bases) 那我想請問,如果沒有加flanking bases, 那麼在PCR後,產物可以被BamHI切的動嗎? 我的目的是要把兩段fragments(seq A & seq B)連起來,中間的連接點是BamHI, 這兩段序列分別是: seq A: HindIII---seq A---BamHI seq B: BamHI---seq B---EcoRV 想要連成: HindIII---seq A---BamHI---seq B---EcoRV 但我手邊現有的primer是別人設計好的,不過他沒在前面多加bases. 而我的策略是先用PCR把這兩段序列用P出來,然後用BamHI處理、做ligation, 之後再用A的FP和B的RP來放大全段,再塞進vector. 但這幾次做都無法P出全段序列,所以想問問是否問題是在primer沒加flanking bases? 如果是的話,可能我就要重訂primer了. -- ※ 發信站: 批踢踢實業坊(ptt.cc) ◆ From: 61.64.144.235

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sGoat

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